TLR2 와 TLR4 에 붙이다 — ClusPro 의 점수는 에너지가 아니다
Methods 7 · Table 5 윗칸
열쇠가 자물쇠에 맞는지 보려면 어떻게 할까요. 컴퓨터는 돌려 가며 다 넣어 봅니다.
단백질 도킹도 같습니다. ClusPro 는 두 분자를 온갖 각도로 붙여 수십억 가지 자세를 만들고, 그 가운데 에너지가 낮은 것을 추린 다음, 비슷한 자세끼리 무더기로 묶습니다. 무더기가 클수록 '여러 길로 가도 여기로 모인다' 는 뜻입니다.
논문은 TLR2 와 TLR4 를 골랐습니다. 둘 다 바이러스 당단백질을 알아보는
패턴 인식 수용체(pattern recognition receptor)입니다. 구조는 PDB 에서
받았습니다 — TLR2 는 2Z7X, TLR4 는 4G8A.
논문이 적은 네 숫자
| 백신–TLR2 | 백신–TLR4 | |
|---|---|---|
| Center Weighted Score | −1413.6 | −1602 |
| Lowest Energy Weighted Score | −1693.2 | −1768.1 |
| PDB | 2Z7X | 4G8A |
논문은 세 가지를 보고 모형을 골랐다고 적었습니다 — 무더기 순위가 높고, 에너지 가중 점수가 낮고, 결합 모양이 그럴듯한 것.
크기가 다른 두 상대를 같은 자로 잰다면
TLR4 의 세포바깥 부분은 TLR2 보다 큽니다. 접촉면이 넓으면 접촉 개수도 에너지 항도 커지는 쪽으로 기웁니다. 그러니 −1602 와 −1413.6 의 차이 가운데 얼마가 '더 잘 붙어서' 이고 얼마가 '그냥 커서' 인지 이 표만으로는 가를 수 없습니다.
이것이 이 권에서 되풀이될 이야기의 첫 판입니다 — 견줄 수 없는 것을 견주면 숫자가 거짓말을 한다.
무더기 크기와 점수는 다른 것을 말한다
ClusPro 는 자세를 두 가지로 추립니다 — 무더기가 큰 것과, 에너지 점수가 낮은 것. 이 둘이 늘 같은 자세를 가리키지는 않습니다.
무더기가 크다는 것은 '여러 출발점에서 여기로 모인다' 는 뜻입니다. 점수가 낮다는 것은 '이 한 자세가 특히 좋다' 는 뜻입니다. 앞은 재현성이고 뒤는 극값입니다.
논문은 Center 와 Lowest Energy 를 둘 다 적었습니다. 잘한 일입니다 — 한쪽만 적으면 읽는 사람이 어느 뜻인지 알 수 없습니다.