20강 / 20강

정리 — 대사로 말할 수 있는 것과 없는 것

20강 · 이 강의가 남기는 목록

이 자료로 말할 수 있는 것

아데노신 생성 능력이 내려간다

마우스 면역세포 — 0.892 → 0.803 → 0.780 → 0.580
네 조건을 지나며 계속 내려감
세포형 안에서도 내려감 (구성 효과가 아니다)
→ 논문 Fig. 7G 와 같은 방향

DDX54 → 해당과정은 사람에서도

SLC2A1 t = +3.47 · LDHA t = +2.13
/escape 의 DDX54–MYC 축(t = +6.60)과 이어짐
Myc 가 GLUT1 과 해당과정 효소를 켠다

이 자료로 말할 수 없는 것

대사물의 농도와 유속

전사체는 능력만 보여 준다
NAD⁺ 도 아데노신도 재지 않았다
→ 대사체학이 필요하다 (3강)

논문의 CD38 주장

마우스 — 이 자료엔 암세포가 없다
사람 — CD38 t = −0.44 (차이 없음)
면역세포의 CD38 은 활성화 표지다 (10강)

'소진의 대사'

우리 소진 점수는 사실 활성화 점수였다
산화적 인산화 차이 없음 (t = −0.60)
소진 축 ↔ 기능 축이 양의 상관
→ 시간 정보가 없다 (15강)

공간에서의 확인

깊이가 네 배 다르다
분모를 바꾸면 답이 뒤집힌다
Nt5e/Cd8a 로는 병용이 최고 (14강)

스무 강이 되풀이한 물음

이 숫자가 능력인가 흐름인가, 그리고 누구의 것인가

3강 — 전사체는 능력이지 대사가 아닙니다.
10강 — 같은 Cd38 이 암세포에서는 무기, 면역세포에서는 활성화 표지입니다.
15강 — 같은 Pdcd1 이 소진 표지이자 활성화 표지입니다.
19강 — 벌크의 CD38 은 암세포와 면역세포의 합입니다.

네 번 모두 같은 문제입니다. 숫자가 무엇을 재고 누구의 것인지를 먼저 정하지 않으면, 방향이 뒤집힙니다.

고등학생대사로 말할 수 있는 것과 없는 것

이 강의가 다룬 대사 억제 기전	강
포도당 경쟁	4강
젖산과 산성화	5강
저산소 · HIF	6강
아미노산 고갈	8강
NAD⁺ 고갈 (CD38)	9~10강
아데노신 축	11~12강
지질 스트레스	16강

일곱 갈래의 공통점

전부 T세포를 직접 공격하지 않는다. 환경을 바꿔서 일을 못 하게 만든다.

종양은 면역을 이기는 것이 아니라 면역이 일할 수 없는 환경을 만든다

Python 브라우저에서 실행

# 스무 강의 숫자를 한 번에
import mtb

print("=== 아데노신 축 (마우스 면역세포) ===")
print(mtb.adeno("all").to_string())
print()
print("=== 소진 상위 대 하위 (T세포) ===")
d, hi, lo = mtb.exhaust_split()
print(d[["high", "low", "t"]].to_string())
print()
print("=== 사람 DDX54 상 대 하 (유전자) ===")
print(mtb.human_ddx("genes")[["high", "low", "t"]].to_string())

Python 브라우저에서 실행

# 66개 유전자를 골랐다는 것은 - 무엇을 못 보게 됐나
import mtb

print(f"이 강의가 실은 유전자 {len(mtb.genes())}개")
print()
못본것 = [
    "대사물 자체 - NAD⁺ · 아데노신 · 젖산 농도를 재지 않았다 (3강)",
    "유속 - 반응이 실제로 얼마나 흘렀는지 모른다",
    "효소 활성 - 단백질이 있어도 일하는지 모른다",
    "암세포 - Cd45+ 로 골라 낸 자료라 경쟁의 한쪽만 본다 (4강)",
    "시간 - 소진과 활성화를 가를 수 없다 (15강)",
    "Ca9 · Atp5f1a - 원자료에 없어 축에서 뺐다",
]
for x in 못본것:
    print(f"  - {x}")

고등학생이 강의에서 어긋난 자리들

정직하게 모아 적는다.

강	어긋난 것
3강	전사체는 능력이지 대사가 아니다
10강	같은 Cd38 이 암세포에서는 무기, 면역세포에서는 활성화 표지
15강	같은 Pdcd1 이 소진 표지이자 활성화 표지
17강	접시의 M1/M2 를 조직에 그대로 붙일 수 없다
19강	벌크의 CD38 은 암세포와 면역세포의 합

다섯이 사실 두 가지 문제다

첫째, 재는 것(RNA)과 알고 싶은 것(대사)이 다르다.
둘째, 같은 분자가 세포와 맥락에 따라 다른 뜻을 갖는다.

"이 값은 누구의 것이고 무엇을 재고 있나" — 두 물음이 이 강의의 뼈대다

고등학생숫자들과 도구들

자료	규모	강
GSE268555 단일세포	세포 37,585 · 생쥐 4	3 · 13 · 15강
T세포 부분집합	1,627	7 · 15강
GSE285341 공간	Xenium 4 표본	14강
TCGA-LUAD	407 표본	19강
대사 유전자 목록	66개	3강

네 종류의 자료를 쓴 이유

각각이 다른 물음 에 답한다.

자료	답하는 물음
단일세포	어느 세포가 무엇을 발현하나
공간	누가 누구 옆에 있나
덩어리 대규모	사람에서도 그런가 · 임상과 연결되나

한 물음에 여러 자료를 던지는 것이 결론을 튼튼하게 만든다

여기서 이어지는 강의

더 알고 싶은 것	어디로
CD47 과 식균작용 · 골수계 아형	`/myeloid`
회피의 목록 전체 · DDX54 상위조절자	`/escape`
T세포 소진의 후성유전학	`/tcell` 17강
관문 억제제 · 병용 전략	`/checkpoint`
암세포에서 `Cd38` 직접 재기	`/bulk` · `/molassay`
공간 자료의 깊이 문제	`/spatial` · `/traffic` 14강
Treg 와 조절 기전	`/tcell` 14강

고등학생다음 걸음

관심	다음 과목
면역관문과 치료	/checkpoint
암의 면역 회피 전체	/escape
사이토카인 신호	/cytokine
골수세포	/myeloid
단일세포 분석의 함정	/immune
공간 자료	/spatial
세포치료에서의 대사	/celltx

이 강의가 남기려는 한 문장

대사는 면역 반응의 배경 이 아니라 일부 다. 어떤 세포가 무엇을 할 수 있는지는 그 세포가 무엇을 먹을 수 있는지가 정한다.

그런데 그것을 RNA 로 보려는 순간 능력과 실제 사이의 간극 이 생긴다. 그 간극을 기억하는 것이 이 강의의 마지막 교훈이다.

대사를 전사체로 본다는 것은 설계도를 보고 생산량을 짐작하는 일이다

🤔 확인 문제

이 강의가 되풀이해서 부딪힌 문제는?

🤔 확인 문제

논문의 CD38 축에 대해 이 강의가 내린 결론은?

🤔 확인 문제

전사체로 대사를 볼 때 반드시 지켜야 할 표현은?