Lesson 7 of 20

【실습】 저산소·해당 점수와 T세포 상태

GSE268555 T세포 1,627개

6강에서 세운 기대를 T세포 안에서 확인합니다. 이 자료의 T세포는 1,627개입니다 — 많지 않습니다.

High schoolT세포 1,627개 안에서 확인한다

6강에서 세운 기대: 저산소 점수가 높은 T세포는 소진되어 있을 것. 이제 자료에서 확인한다.

절차

단계	하는 일
1	전체 세포에서 T세포만 골라냄 (1,627개)
2	저산소 · 해당과정 점수를 계산
3	소진 · 세포독성 점수를 계산
4	세포 수준에서 상관을 봄

T세포만 고르는 것이 왜 중요한가

전체 세포로 하면 세포유형 차이 가 상관을 만든다. 암세포는 저산소 점수가 높고 T세포는 낮다면, 아무 관계 없이도 상관이 나온다.

한 세포유형 안에서 봐야 그 유형 안의 변이 를 보는 것이다.

교란을 피하는 가장 간단한 방법은 교란 변수를 고정하는 것이다

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# T세포가 몇 개인가
import mtb

F = mtb.facts()["tcell"]
print(f"T세포 {F['n']:,}개")
for k, v in F["types"].items():
    print(f"  {k:<14}{v:>6,}")
print()
print("CD8 T세포가 187개뿐입니다. 이 점을 계속 기억하세요.")

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# T세포 유형마다 대사와 상태
import mtb

t = mtb.tcell_axes("세포형")
print(t.to_string())
print()
print("CD8 T세포가 거의 모든 축에서 가장 높습니다.")
print("싸우는 세포가 대사도 가장 활발하다는 뜻이에요.")

High school1,627 이라는 숫자

전체 37,585개 중 T세포가 1,627개다. 약 4%.

이 수가 충분한가

목적	충분한가
세포 수준 상관 계산	충분
T세포 아형 나누기	아형당 수백 — 빠듯함
조건 간 비교	조건당 약 400 — 그런데 n=1
드문 아형 검출	부족

그리고 잊지 말아야 할 것

세포가 1,627개여도 생쥐는 넷 이다. 세포 수준 상관은 계산할 수 있지만, 조건 간 차이의 유의성 은 여전히 말할 수 없다.

세포 수가 늘어도 개체 수가 늘지 않으면 결론의 종류는 그대로다

이 표가 15강의 핵심 발견으로 이어집니다.

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# 축끼리의 상관 - 무엇이 무엇과 함께 가나
import mtb

c = mtb.tcell_corr()
print(c.round(2).to_string())
print()
print("'T세포 소진' 과 'T세포 기능' 의 상관을 보세요.")
print("교과서대로면 음수여야 합니다.")

High school상관이 나왔을 때와 안 나왔을 때

결과	읽는 법
저산소↑ 소진↑ 상관 있음	교과서와 일치 — 단, 인과는 아님
상관 없음	여러 해석 가능 — 아래

상관이 없을 때 의심할 것들

가능성	내용
점수의 잡음	단일세포 자료의 탈락
세포 수 부족	약한 상관을 못 잡음
시간 규모 불일치	저산소는 빠르고 소진은 느림
실제로 관계가 약함	교과서가 과장했을 수 있음

세 번째가 자주 간과된다

저산소 반응은 몇 시간 안에 켜지고 꺼진다. 소진은 몇 주에 걸쳐 후성유전적으로 고정된다.

한 시점의 스냅숏에서 빠른 것과 느린 것의 상관 을 재고 있다. 안 나오는 것이 오히려 자연스러울 수 있다.

시간 규모가 다른 두 현상은 한 시점에서 상관이 안 보일 수 있다

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# 저산소와 해당과정 - 조건별로
import mtb

t = mtb.tcell_axes("표본")
cols = [c for c in mtb.ORDER if c in t.columns]
print(t[cols].to_string())
print()
print("표본마다 T세포 수가 크게 다릅니다 - 그 점을 안고 읽어야 합니다.")

High school이 실습이 준비하는 것

여기서 얻은 기준선이 15강에서 쓰인다.

15강에서 물을 것
소진 상위 T세포와 하위 T세포의 대사가 다른가
교과서 예상(소진 = 저산소 · 대사 붕괴)과 맞나
어긋난다면 왜인가

그리고 미리 알아 둘 함정

소진 점수를 만드는 유전자(PDCD1, LAG3 등)는 활성화 표지이기도 하다.

"소진 상위" 로 고른 세포가 사실은 "방금 활성화된" 세포일 수 있다. 그러면 대사가 오히려 활발하게 나온다 — 교과서와 반대로.

점수로 고른 집단이 그 점수의 이름과 다른 것일 수 있다

🤔 Check yourself

소진 축과 기능 축이 양의 상관을 보인 가장 그럴듯한 이유는?

🤔 Check yourself

이 문제를 제대로 가르려면 무엇이 필요한가?

Answer 소진은 시간이 만든 상태입니다. 한 시점의 전사체에는 시간이 없습니다. 후성유전학적 흔적(Tox 하류의 염색질 변화)이 그나마 시간을 담습니다.

🤔 Check yourself

CD8 T세포가 187개뿐인 것이 결론에 주는 제약은?