20강 / 20강

정리 — cMYC·CD38·CD47 이 내려갔다는 증거 사슬

말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

논문의 주장 하나를 골라 증거 사슬을 따라가 봅시다.

DDX54 를 끄면 CD38 · CD47 이 줄어든다

고리	방법	어디
1. Ddx54 를 껐다	siRNA · shRNA · CRISPR	`/perturb`
2. 정말 꺼졌다	qRT-PCR (ΔΔCt)	Figs. S7A · S7B — 이 강의 1~13강
3. 신호 경로가 꺼졌다	웨스턴블롯 (p-STAT3 · p-p65 · β-catenin · cMYC)	Fig. S9 — 14~19강
4. CD38 · CD47 단백질이 줄었다	웨스턴블롯	Figs. 3 · S12E/F
5. mRNA 수준에서도 줄었다	qRT-PCR (Table S5 의 Cd38 · Cd47)	Table S5
6. 사람 세포에서도	웨스턴블롯 (A549)	Fig. S8C

여섯 고리가 서로 다른 방법으로 같은 방향을 가리킵니다. mRNA 와 단백질, 마우스와 사람 — 겹치지 않는 증거들이죠.

고등학생증거 사슬

"cMYC·CD38·CD47이 내려갔다"는 주장을 뒷받침하는 사슬입니다.

고리	확인한 것	강
RNA 품질	A260/280 · A260/230	3강
게놈 DNA 배제	엑손 경계 프라이머 · −RT 대조	6강
산물 특이성	융해곡선 봉우리 하나	9강
정규화	기준 유전자	10·11강
단백질 수준 확인	웨스턴블롯	12~18강
로딩 확인	GAPDH	17강
전체 블롯 공개	—	19강

고리 하나가 빠지면 사슬 전체가 약해집니다.

고등학생말할 수 있는 것

주장	근거
이 조건에서 mRNA가 줄었다	qPCR — 대조군을 포함해
단백질도 줄었다	웨스턴블롯 — 로딩 대조 포함
두 층이 같은 방향	가장 강한 부분
결과가 반복된다	독립 실험 n

세 번째 줄이 핵심입니다 — 다른 원리의 두 방법이 같은 답을 줬습니다.

이 20강에서 말할 수 있게 된 것

말할 수 있다	근거
Ddx54 mRNA 가 줄었다	ΔΔCt · 기준 유전자 둘 (11~13강)
증폭된 산물이 하나다	융해곡선 봉우리 하나 (10강)
CD38 · CD47 단백질이 줄었다	웨스턴블롯 + 로딩대조군 (18강)
STAT3 · p65 의 인산화가 줄었다	p- 항체와 총량 항체를 짝으로 (15강)
항체가 잡은 것이 예상 크기다	전체 블롯 Fig. S9 (19강)

말할 수 없다	이유
"CD47 이 정확히 몇 배 줄었다"	웨스턴블롯은 반정량이다 (18강)
"단백질이 완전히 없어졌다"	검출 한계 아래일 뿐일 수 있다 (18강)
"DDX54 가 직접 CD47 을 조절한다"	이 방법들은 양만 잰다. 직접 결합은 다른 실험이다
"Gapdh 는 변하지 않았다"	가정이다. 두 기준이 일치한다는 것까지다 (11강)

이 표가 이 강의의 요약입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 이 20강에서 나온 값을 한자리에 — 논문 그대로인 것과 관례인 것
값 = [
    ("RNA 추출 키트",     "RNA-spin kit (iNtRON)",          "논문 그대로", 3),
    ("정량",             "NanoDrop (Thermo Fisher)",       "논문 그대로", 4),
    ("역전사 키트",       "DiaStar RT kit (Solgent)",       "논문 그대로", 5),
    ("qPCR 기기",        "QuantStudio5 (Applied Biosystem)","논문 그대로", 9),
    ("중합효소·색소",     "2X Taq premix + SYBR Green",     "논문 그대로", 8),
    ("프라이머",         "Table S5 · 10쌍",                "논문 그대로", 6),
    ("용해버퍼",         "HEPES 20mM · NaCl 150mM · Triton 0.5% · 글리세롤 10% · SDS 0.1%", "논문 그대로", 14),
    ("인산화효소 억제제", "0.1%",                            "논문 그대로", 15),
    ("항체",             "Table S4 · 14종",                 "논문 그대로", 18),
    ("전체 블롯",         "Fig. S9 · 패널 A~D",              "논문 그대로", 19),
    ("A260/280 목표",    "약 2.0",                          "관례",       4),
    ("A260/230 목표",    "2.0~2.2",                         "관례",       4),
    ("믿을 수 있는 Ct",   "15~32",                           "관례",       9),
    ("PCR 효율 목표",     "90~110%",                        "관례",      13),
    ("젤 농도",          "10% (30~100 kDa)",                "관례",      16),
    ("블로킹",           "우유 5% · p- 항체에는 BSA 5%",     "관례",      17),
]
print(f"{'값':<18}{'':<54}{'출처':<12}강")
print("-" * 92)
for 이름, v, src, 강 in 값:
    print(f"{이름:<18}{v:<54}{src:<12}{강}")
print()
print(f"논문 그대로 {sum(1 for x in 값 if x[2]=='논문 그대로')}개 · "
      f"관례 {sum(1 for x in 값 if x[2]=='관례')}개")
print("'관례' 인 값은 이 강의가 채운 것이니, 다른 연구실은 다를 수 있습니다.")

고등학생말할 수 없는 것

말할 수 없는 것	왜
정확히 몇 % 줄었다	18강 — 웨스턴 정량은 거칢
이 감소가 병을 바꾼다	기능 실험이 별도로 필요
사람에서도 그렇다	생쥐 세포·조직
단백질 활성도 줄었다	양과 활성은 다름 — 13강
직접 작용이다	간접 효과일 수 있음

고등학생이 강의에서 가져갈 습관

	습관	강
①	대조군(−RT · NTC · 로딩)이 있는지 본다	6·17강
②	SYBR이면 융해곡선을 확인한다	9강
③	기준 유전자가 안 변했는지 본다	10강
④	인산화는 총량과 함께 본다	13강
⑤	전체 블롯을 확인한다	19강
⑥	mRNA와 단백질이 같은 방향인지 본다	1강

이어서 볼 것	어디서
시약과 완충액의 화학	/labchem
세포 배양 실무	/wetlab
유세포·조직 판독	/cytohist
전사체 전체 보기	/bulk · /geo

방법 문단을 읽을 수 있으면 그림이 증거로 보이기 시작합니다.

🤔 확인 문제

웨스턴블롯 결과를 "CD47 이 2.3배 줄었다" 라고 쓰는 것이 조심스러운 이유는?