Lesson 3 of 20

NanoDrop — A260/280 과 A260/230 이 말해 주는 것

SI 「its quantity was assessed using a NanoDrop spectrophotometer」

추출한 RNA 가 얼마나 있는지, 깨끗한지를 봅니다. NanoDrop 은 1~2 µl 만으로 이것을 해요.

원리는 흡광입니다. 물질마다 잘 먹는 파장이 다릅니다.

파장	무엇이 먹나
260 nm	핵산 (DNA · RNA) — 염기의 고리 구조
280 nm	단백질 — 트립토판 · 티로신
230 nm	구아니딘 · 페놀 · 탄수화물 — 추출 시약 잔여물

그래서 비를 봅니다.

A260/A280 ≈ 2.0 · A260/A230 ≈ 2.0~2.2

첫째는 단백질이 섞였나, 둘째는 시약이 남았나 를 말합니다.

High school빛이 줄어든 만큼이 농도

핵산의 염기는 260 nm 자외선을 흡수합니다. 통과한 빛이 얼마나 줄었는지로 농도를 계산해요.

흡광도 = 흡광계수 × 농도 × 빛이 지나간 거리

물질	A260 = 1일 때 농도
이중가닥 DNA	50 µg/ml
RNA	40 µg/ml
단일가닥 DNA	33 µg/ml

High schoolA260/280이 말해 주는 것

단백질은 280 nm를 흡수합니다(방향족 아미노산 때문에). 두 값의 비율로 단백질 오염을 봐요.

A260/280	판정
RNA 약 2.0	좋음
DNA 약 1.8	좋음
1.6 이하	단백질 오염 의심

RNA가 DNA보다 값이 높은 것은 염기 조성이 다르기 때문입니다.

시료 C 는 260/230 만 낮습니다 — 무엇이 남아 있는 걸까요?

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# NanoDrop 결과를 읽는다
샘플 = [
    ("시료 A", 0.412, 0.206, 0.191),
    ("시료 B", 0.385, 0.240, 0.180),
    ("시료 C", 0.402, 0.198, 0.310),
    ("시료 D", 0.055, 0.030, 0.028),
]

print(f"{'시료':<8}{'농도':>10}{'260/280':>9}{'260/230':>9}  판정")
print("-" * 62)
for 이름, a260, a280, a230 in 샘플:
    농도 = a260 * 40 * 1        # RNA 는 A260 1.0 = 40 ng/µl
    r28 = a260 / a280
    r23 = a260 / a230
    문제 = []
    if r28 < 1.8:  문제.append("단백질 오염")
    if r23 < 1.8:  문제.append("시약(구아니딘·페놀) 잔여")
    if 농도 < 10:  문제.append("농도가 너무 낮다")
    판정 = " · ".join(문제) if 문제 else "깨끗하다"
    print(f"{이름:<8}{농도:>7.1f} ng/µl{r28:>9.2f}{r23:>9.2f}  {판정}")

print()
print("A260 1.0 = RNA 40 ng/µl (DNA 는 50 ng/µl 로 환산이 다릅니다)")
print("260/280 은 단백질을, 260/230 은 추출 시약 잔여물을 봅니다.")

High schoolA260/230이 말해 주는 것

230 nm는 다른 것들이 흡수합니다 — 페놀·구아니딘·염 같은 추출 시약이요.

A260/230	판정
2.0~2.2	깨끗함
1.5 이하	시약 잔류 — 다음 반응이 억제될 수 있음

A260/280은 괜찮은데 A260/230이 낮은 경우가 흔합니다 — 세척 부족입니다.

High school흡광도가 못 하는 것

구분 못 하는 것	왜
DNA와 RNA	둘 다 260을 흡수
온전한 RNA와 잘린 RNA	염기 수는 같음
유리 뉴클레오타이드	염기 하나도 흡수

"농도는 충분한데 다 잘린 RNA"도 좋은 값이 나옵니다.

그래서 시퀀싱을 할 거라면 Bioanalyzer로 RIN(RNA 완전성 지수)을 따로 잽니다. qPCR은 짧은 구간만 증폭하니 조금 잘려도 괜찮은 편이에요.

🤔 Check yourself

A260/A230 만 낮게 나왔습니다. 가장 흔한 원인은?