Lesson 6 of 20
엑손 경계에 걸친다 — 게놈 DNA 를 피하는 설계
게놈 DNA 오염을 프라이머로 푸는 방법
3강에서 본 문제 — 추출한 RNA 에 게놈 DNA 가 섞여 있을 수 있다는 것. 그 DNA 가 qPCR 에서 증폭되면 가짜 신호가 됩니다.
DNase 처리로 없앨 수도 있지만, 프라이머 설계로 푸는 방법이 더 우아합니다.
1. 게놈에서는 유전자가 엑손 — 인트론 — 엑손 으로 되어 있다
2. mRNA 가 될 때 인트론이 잘려 나간다 (스플라이싱)
3. 그래서 mRNA 에서는 두 엑손이 딱 붙어 있다
4. 그 붙은 자리에 걸치도록 프라이머를 설계한다
그러면 이렇게 됩니다.
cDNA (mRNA 유래)
엑손1|엑손2 가 붙어 있다
프라이머가 붙는다 → 증폭된다 ✓
프라이머가 붙는다 → 증폭된다 ✓
게놈 DNA
엑손1 —인트론— 엑손2
프라이머의 반쪽이 인트론에 걸려 못 붙는다 ✗
프라이머의 반쪽이 인트론에 걸려 못 붙는다 ✗
또는 인트론을 사이에 두고 프라이머를 놓는 방법도 있습니다. 그러면 게놈 DNA 에서 나오는 산물이 훨씬 길어져 구별됩니다.
세 번째 설계는 왜 피해야 할까요?
Python
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프라이머를 엑손-엑손 경계에 걸치게 설계하면 무엇을 막을 수 있을까요?
Answer 게놈 DNA 에는 인트론이 남아 있어 엑손1과 엑손2가 붙어 있지 않습니다. 그 경계에 걸친 프라이머는 게놈에서 붙을 자리가 없어요.