Lesson 14 of 20
SDS-PAGE — 크기대로 줄을 세운다
왜 모양이 아니라 크기로만 갈리나
젤에 전기를 걸면 단백질이 움직입니다. 그런데 무엇에 따라 갈릴까요?
원래대로라면 전하와 모양이 섞여 뒤죽박죽입니다. 큰 단백질이 음전하가 많으면 작은 것보다 빨리 갈 수도 있죠.
SDS 가 이 문제를 없앱니다.
1. SDS 가 단백질을 완전히 풀어 막대 모양으로 만든다 → 모양이 같아진다
2. SDS 는 음전하다. 아미노산 두 개당 하나꼴로 붙는다
3. 그러면 단위 길이당 음전하가 모든 단백질에서 같아진다
4. 남는 변수는 크기 하나뿐 — 젤의 그물을 뚫고 가는 속도
SDS → 모양·전하 통일 → 크기만 남는다
그래서 작은 단백질이 빨리, 큰 단백질이 느리게 갑니다. 젤 아래쪽이 작은 것, 위쪽이 큰 것이에요.
젤 농도를 고르는 법
젤의 그물 크기는 아크릴아마이드 농도로 정해집니다.
| 젤 농도 | 그물 | 잘 갈리는 크기 |
|---|---|---|
| 7~8% | 성기다 | 큰 단백질 (100~250 kDa) |
| 10% | 보통 | 30~100 kDa — 가장 흔히 쓴다 |
| 12~15% | 촘촘하다 | 작은 단백질 (10~50 kDa) |
논문이 잡으려는 단백질들의 크기를 보면 — DDX54 는 약 100 kDa, STAT3 는 약 88 kDa, GAPDH 는 약 37 kDa. 꽤 넓게 퍼져 있죠.
이럴 때는 구배 젤(4~15% 처럼 농도가 점점 진해지는 젤)을 쓰거나, 젤을 두 장 돌립니다.
🤔 Check yourself
SDS-PAGE 에서 단백질이 크기 순으로 갈리는 근본 이유는?
Answer SDS 가 없으면 전하와 모양이 섞여 크기와 상관없는 순서가 나옵니다. SDS 가 그 둘을 상수로 만들어 크기만 남깁니다.