20강 / 20강

정리 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

그리고 이 꾸러미들을 진짜 인터넷에 연결하는 법

스무 강을 한 장에 담습니다. 먼저 우리가 재어서 알아낸 것입니다. 전부 이 페이지 안에서 다시 계산할 수 있는 숫자들이에요.

물음	답	어느 강
콩팥병에서 PHD 는 몇 등인가	14 · 15 · 16등 / 7,008	6
그 등수는 무엇이 지고 있나	`clinical` 한 칸 — 빼면 400등	7 · 8
왜 셋의 점수가 같은가	계열 칸(CHEMBL3831261)이 셋으로 펼쳐져서	15
장질환에서는 몇 등인가	상위 500 안에 없음	9
장질환 논문은 몇 편인가	1편 (EGLN2 · EGLN3 은 0편)	10
사람 유전 근거는 있나	있다 — 다만 적혈구증가증을 가리킨다	11
약은 아형을 구분하나	공개 자료로는 비교 불가 (18칸 중 8칸만 참)	13 · 14
같은 기전이 사람에게 간 적 있나	있다 — GB004 · 236명 · 이득 없음으로 중단	17
지금 무엇이 돌고 있나	ISM5411 2a상 · 80명 · 중국 28기관 · 2027년 완료 예정	18

고등학생말할 수 있는 것

주장	근거
PHD 억제는 기전이 명확한 표적이다	2·3강 · 노벨상 회로
콩팥병에서는 검증됐다 — 허가된 약 셋	14강
그런데 점수판 14등의 근거는 한 칸뿐이었다	7·8강
그 한 칸은 측정값 0건인 집안 항목에서 왔다	15강
장질환은 근거가 훨씬 얇다 — 논문 1편, 시험 1건	10·18강
안전성 쟁점이 유전 증거와 규제 결정에서 일관되게 보인다	11·16강

이제 말할 수 없는 것입니다. 이 강의가 답을 못 하는 칸들이에요.

물음	왜 답할 수 없나
ISM5411 이 효과가 있을까	시험이 2027년에 끝난다. 그전에는 아무도 모른다
세 아형 중 어느 것을 막아야 하나	쥐는 EGLN2 를 가리키지만, 사람에서 확인되지 않았다
ISM5411 은 GB004 와 무엇이 다른가	구조 · 선택성 · 장 체류가 공개돼 있지 않다. 논문이 없다
록사두스타트는 왜 미국에 라벨이 없나	거부인지 미신청인지 이 자료로 가릴 수 없다 (`/reg`)
장에서만 HIF 를 올릴 수 있나	약동학 문제다. 이 강의의 자료 밖이다 (`/pk`)

고등학생말할 수 없는 것

말할 수 없는 것	왜
ISM5411이 성공할지	2a상 80명 · 결과 미공개
장질환에 PHD 억제가 듣는지	사람에서 아직 확인 안 됨
회사의 내부 근거가 무엇인지	공개된 것은 한 줄뿐
Open Targets가 틀렸는지	자료는 정확 — 해석이 문제
19강의 내 가중치가 옳은지	목적에 따라 다름
GB004가 왜 실패했는지	공개 정보로는 이유 불명

이 강의는 공개 자료로 알 수 있는 만큼만 말합니다 — 그 경계를 아는 것이 결론의 일부입니다.

마지막으로, 이 강의에서 쓴 꾸러미 넷을 진짜 인터넷에 연결하는 법입니다.

브라우저 안 파이썬은 임의의 네트워크 호출을 못 합니다. 그래서 응답을 떠서 실었어요. 하지만 함수 이름과 JSON 모양이 진짜 API 와 같습니다. 여러분의 컴퓨터에서는 아래처럼 바꾸기만 하면 그대로 돕니다.

실행하면 코드가 찍힙니다. 그대로 복사해 가세요.

Python 브라우저에서 실행

# 여러분의 컴퓨터에서 돌릴 코드 — 여기서는 실행되지 않습니다(네트워크가 없어서).
# 아래 출력을 복사해서 주피터나 터미널에 붙여 넣으세요.

Q3 = chr(39) * 3          # 따옴표 세 개. 여기서는 이렇게 만들어 씁니다.

lines = [
    "import requests",
    "",
    "OT = 'https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql'",
    "",
    "Q = " + Q3 + "query($id:String!,$n:Int!){",
    "  disease(efoId:$id){ name",
    "    associatedTargets(page:{index:0,size:$n}){ count",
    "      rows{ score target{approvedSymbol} datatypeScores{id score} } } } }" + Q3,
    "",
    "r = requests.post(OT, json={'query': Q,",
    "                            'variables': {'id': 'MONDO_0005300', 'n': 500}})",
    "d = r.json()['data']['disease']",
    "",
    "rows = d['associatedTargets']['rows']",
    "for i, x in enumerate(rows, 1):",
    "    if x['target']['approvedSymbol'].startswith('EGLN'):",
    "        print(i, x['target']['approvedSymbol'], round(x['score'], 4))",
]
for ln in lines:
    print(ln)
print()
print("# 이 강의의 ot.assoc('ckd', 500) 이 하는 일이 바로 이것입니다.")

고등학생이 강의에서 가져갈 다섯 가지 습관

	습관	어디서 배웠나
①	총점이 아니라 분해표를 본다	5·7강
②	근거 하나를 빼 보고 순위가 버티나 본다	8강
③	"없음"과 "안 찾아봄"을 가른다	9·10강
④	이상한 숫자를 기억했다가 원자료까지 따라간다	7→15강
⑤	표 밖의 근거를 손으로 채운다	12·19강

다섯 가지 모두 PHD와 무관합니다. 어떤 표적, 어떤 자료베이스에도 그대로 씁니다.

나머지 셋도 같습니다.

이 강의	진짜 주소
`ot.assoc(key, n)`	`POST https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql`
`chem.activities(target=...)`	`GET https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?target_chembl_id=…`
`trial.search(q)`	`GET https://clinicaltrials.gov/api/v2/studies?query.term=…`
`trial.fda(name)`	`GET https://api.fda.gov/drug/label.json?search=openfda.generic_name:"…"`
`lit.counts(gene)`	`GET https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?db=pubmed&term=…`

넷 다 열쇠(API key)가 없어도 됩니다. 오늘 바로 두드려 볼 수 있어요. 그리고 두드려 보면 이 강의의 숫자와 조금 다를 겁니다 — 자료가 계속 갱신되니까요. 그것도 배워야 할 것 중 하나입니다.

출처를 마지막으로 한 번 더 찍습니다. 자료의 출처를 아는 것이 자료를 다루는 첫걸음입니다.

Python 브라우저에서 실행

import ot, chem, trial, lit

# 이 강의가 쓴 자료가 언제 어디서 왔는지
for m in (ot, chem, trial, lit):
    s = m.source()
    print("%-46s %s" % (s.get("api", "?"), s.get("note", "")))

고등학생이 꾸러미들을 진짜 인터넷에 연결하기

이 강의는 Pyodide 안에서 돌아가서 실제 네트워크에 못 나갑니다. 미리 받아 둔 자료를 씁니다. 자기 컴퓨터에서 진짜로 두드려 보려면 이렇습니다.

자료원	접근 방법	열쇠
Open Targets	GraphQL API	불필요
PubMed	E-utilities	불필요 (많이 쓰면 키 권장)
ChEMBL	REST API	불필요
openFDA	REST API	불필요 (한도 있음)
ClinicalTrials.gov	REST API v2	불필요

다섯 곳 전부 열쇠 없이 두드려집니다 — 이 강의의 모든 결과를 스스로 재현할 수 있습니다.

다만 스키마가 바뀝니다. Open Targets는 실제로 몇 번 바뀌었어요. 코드가 어느 날 안 돌면 대개 그 이유입니다.

이어서 볼 것	어디서
표적 선정 논리 전체	/insilico
유전 증거로 표적 찾기	/gwas
표적을 약으로 만들기	/tgt
임상시험 읽는 법	/trial
다른 표적 하나를 끝까지	/tnik · /wrn

🤔 확인 문제

이 강의가 PHD 에 대해 내린 결론은?

🤔 확인 문제

이 강의의 꾸러미(ot · chem · trial · lit)를 진짜 API 로 바꾸려면?