Lesson 13 of 20
약 쪽 자료를 연다 — 측정값 3,879건
ChEMBL REST · EGLN1 2,994 · EGLN2 656 · EGLN3 205
지금까지는 "이 표적이 이 병과 이어져 있는가" 를 봤습니다. 이제 다른 것을 봅니다 — 이 표적에 붙는 분자가 실제로 있는가.
ChEMBL 은 유럽 EMBL-EBI 가 관리하는 화합물 활성 자료입니다. 논문과 특허에 실린 실제 측정값을 모아 둡니다. "이 분자를 이 단백질에 넣었더니 IC50 이 몇 nM 이었다" 같은 것들이에요.
표적이 넷입니다. 마지막 줄의 target_type 을 눈여겨보세요 — 15강에서 이 줄이 열쇠입니다.
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세 아형과 계열(PROTEIN FAMILY) 하나가 있습니다. 계열은 잠시 미뤄 두고, 먼저 아형별로 측정값이 얼마나 있는지 셉니다.
고르지 않습니다. 그리고 계열 칸은 0건입니다.
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EGLN1 이 2,994건, EGLN3 이 205건. 열네 배 차이입니다.
이 불균형이 뜻하는 것은 무엇일까요. 두 가지로 읽을 수 있습니다.
읽기 ①
EGLN1 이 주력 아형이니
사람들이 거기에 집중해서 쟀다.
합리적인 선택이었다.
사람들이 거기에 집중해서 쟀다.
합리적인 선택이었다.
읽기 ②
다들 EGLN1 만 재다 보니
다른 둘은 알 기회가 없었다.
자료가 그렇게 굳었다.
다른 둘은 알 기회가 없었다.
자료가 그렇게 굳었다.
둘 다 어느 정도 맞습니다. 중요한 것은 결과예요 — 어느 아형을 막아야 하는지 자료가 답할 수 없게 됐다는 것입니다.
그리고 12강에서 봤듯이, 장질환 쪽 쥐 실험이 가리킨 것은 측정이 가장 적은 쪽이 아니라 중간인 EGLN2 였습니다.
점 하나가 측정 하나입니다. 왼쪽 기둥의 두께와 오른쪽 두 기둥을 견줘 보세요.
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ChEMBL 에서 PHD 세 아형의 측정값 수가 크게 다른 것이 뜻하는 것은?
Answer 측정이 몰려 있다는 것은 그 표적이 좋다는 뜻이 아니라 사람들이 거기를 봤다는 뜻입니다. 결과적으로 아형을 가리는 물음에 자료가 답을 못 하게 됐습니다.