1강 / 20강
29,620개는 백신이 아니다 — 거르기가 설계다
Step 3 · 예측 29,620 → 상위 1.6% 1,443 → 최종 5
채용 공고를 하나 냈습니다. 이력서가 29,620장 왔습니다.
이력서가 많은 것은 좋은 일이 아닙니다. 뽑을 자리는 다섯입니다. 29,620장을 다 면접 보면 회사가 망합니다. 그래서 거릅니다 — 학점으로 한 번, 면접으로 한 번, 신원조회로 한 번.
II 권에서 우리는 이력서를 모았습니다. 이 권에서는 거릅니다. 그리고 뽑힌 다섯을 한 팀으로 묶습니다.
왜 못 줄이면 백신이 안 되나
거르기는 귀찮은 뒷정리가 아닙니다. 거르기가 설계입니다. 무엇을 남길지 정하는 순간 백신의 성질이 정해집니다.
두 단계의 성격이 다릅니다. 1단계는 20배, 2단계는 289배 — 진짜 칼질은 2단계입니다.
Python
브라우저에서 실행
네 갈래가 모두 5개로 끝난다
| 갈래 | 예측된 수 | 순위 1.6 뒤 | 최종 |
|---|---|---|---|
| MHC class I (CTL · CD8+) | 29,620 | 1,443 | 5 |
| MHC class II (HTL · CD4+) | 5,671 | 99 | 5 |
| 선형 B세포 | 1,266 | — | 5 |
| 입체 B세포 | 10 | — | 5 (표면접근 상위 4개로 검증) |
B세포 갈래에는 순위 칸이 비어 있습니다. 퍼센타일 순위는 MHC 결합 예측의 자이고, B세포 에피토프는 MHC 에 붙지 않습니다. 자가 다르면 칸도 비어 있어야 합니다 — 비어 있는 칸을 채운 척하지 않는 것이 이 표의 미덕입니다.
거르기는 세 층이다
1층 · 계산이 말한다
퍼센타일 순위 · EL 점수 · IC₅₀.
“이 조각이 이 HLA 에 붙을 것 같은가” 를 예측합니다. 2~4강
2층 · 실험이 말한다
IEDB 에 사람에서 실제로 재 본 기록이 있는가.
기록이 많은 조각을 앞세웁니다. 5강
3층 · 위험이 말한다
항원성(VaxiJen) · 독성(ToxinPred) · 알레르기성(AllerTOP).
붙기만 하면 안 됩니다. 6강
세 층의 순서가 중요합니다. 1층만 쓰면 계산이 잘 맞은 조각을 고르는 것이고, 2층을 더하면 사람에게서 이미 확인된 조각으로 옮겨 가고, 3층을 더하면 실어도 되는 조각만 남습니다.
🤔 확인 문제
이 강의의 등뼈가 되는 세 숫자는?
해설 MHC class I 에피토프의 여정입니다 — 예측 29,620개, 퍼센타일 순위 1.6 이하 1,443개, 최종 구조체에 실린 5개. class II 는 5,671 → 99 → 5 로 나란히 갑니다.
🤔 확인 문제
두 단계 가운데 더 세게 줄인 쪽은?
해설 29,620 ÷ 1,443 ≈ 20배, 1,443 ÷ 5 ≈ 289배입니다. 문턱값 하나로 스무 배를 줄이고, 그다음 실험 근거와 안전성과 적용범위로 289배를 더 줄입니다. 진짜 판단은 2단계에서 벌어집니다.
🤔 확인 문제
선형 B세포 갈래의 “순위 1.6 뒤” 칸이 비어 있는 까닭은?
해설 자가 다르면 칸도 비어 있어야 합니다. B세포 에피토프는 항체가 직접 알아보는 자리여서 MHC 결합 순위라는 개념이 없습니다. BepiPred 나 ElliPro 가 자기 문턱을 따로 씁니다(II 권).