15. 이음매 에피토프 — 링커가 막으려는 것 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps III

“사과” 와 “나무” 를 붙이면 “과나” 라는 없던 낱말이 가운데 생깁니다.

에피토프도 같습니다. 9 아미노산 조각 둘을 이어 붙이면, 그 경계에 걸친 새로운 9 아미노산 창이 여럿 생깁니다. 원래 설계에 없던 조각들입니다.

이음매 에피토프(junctional epitope)

이것이 위험한 까닭은, 그 새 조각이 무엇일지 아무도 설계하지 않았기 때문입니다. 독성일 수도, 알레르기성일 수도, 자기 몸의 단백질과 닮았을 수도 있습니다.

조각 둘을 이어 보세요. 링커를 넣고 빼면서 새로 생기는 창의 수를 셉니다.

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링커는 이음매 창의 개수를 줄이지 않습니다. 그 창들이 잘려 없어지게 만듭니다.

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# 이어 붙이면 창이 몇 개 생기나 — 정확한 산수
def n_windows(length, k):
    return length - k + 1

print("경우 1 — 9 아미노산 에피토프 둘을 링커 없이 그대로 붙인다")
L = 9 + 9
w = n_windows(L, 9)
print("  길이 %d, 9 아미노산 창 %d 개" % (L, w))
print("  그중 원래 에피토프 2 개")
print("  새로 생긴 이음매 창 %d 개" % (w - 2))
print()

print("경우 2 — 사이에 AAY (3 아미노산) 를 넣는다")
L2 = 9 + 3 + 9
w2 = n_windows(L2, 9)
print("  길이 %d, 9 아미노산 창 %d 개" % (L2, w2))
print("  그중 원래 에피토프 2 개")
print("  새로 생긴 이음매 창 %d 개" % (w2 - 2))
print()

print("놀라운 점 — 링커를 넣으면 이음매 창이 오히려 늘어납니다 (%d -> %d)"
      % (w - 2, w2 - 2))
print("링커는 이음매 창의 '개수' 를 줄이지 않습니다.")
print("대신 그 창들이 전부 링커를 품게 만듭니다.")
print("그리고 링커는 세포가 그 자리를 자르도록 만들어졌습니다.")
print()

print("경우 3 — 15 아미노산 HTL 둘을 GPGPG (5) 로 잇는다")
L3 = 15 + 5 + 15
w3 = n_windows(L3, 15)
print("  길이 %d, 15 아미노산 창 %d 개, 이음매 창 %d 개" % (L3, w3, w3 - 2))
print()

print("구조체 전체로는 이음매가 몇 군데인가")
print("  HTL 사이 4 + CTL 사이 4 + B세포 사이 4 + 보조제 뒤 1 = 13 군데")
print("  이음매마다 새 창이 여남은 개씩 생깁니다.")
print("  설계하지 않은 조각이 100 개 넘게 생기는 셈입니다.")

그러면 이 논문은 이음매를 확인했나

한 것

완성된 MEVC 전체를 VaxiJen · ToxinPred · AllerTOP 에 다시 넣었습니다. 구조체 전체 기준이므로 이음매도 그 안에 들어 있습니다

안 한 것

이음매에 생긴 새 창들을 따로 뽑아 MHC 결합을 다시 예측하지는 않았습니다. 논문에 그런 절차가 없습니다

그래서 이렇게 말해야 합니다 — “구조체 전체 수준의 안전성 검사는 통과했다.” “이음매 에피토프가 없음을 확인했다” 가 아닙니다.

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이음매 에피토프란?

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링커를 넣으면 이음매 창의 개수는?

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이 논문이 이음매에 대해 실제로 한 일은?