18. 함정 — 점수가 높다고 면역이 센 것은 아니다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps III

17강과 짝을 이루는 함정입니다.

틀린 문장

“항원성이 0.47 에서 1.70 으로 올랐으니 MEVC 가 더 강한 면역반응을 일으킨다”

맞는 문장

“VaxiJen 으로 계산한 항원성 예측 점수가 0.47 에서 1.70 으로 올랐다”

8강에서 이 점수가 에피토프 밀도에 민감하다는 것을 봤습니다. 밀도를 올리면 점수가 오릅니다. 그건 설계가 의도한 대로 됐다는 확인이지, 면역이 세졌다는 증거가 아닙니다.

점수를 밀어 보세요. 점수가 아무리 올라도 오른쪽 칸이 비어 있는 것을 봅니다.

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점수와 반응 사이에 남아 있는 것들

단계	이 논문이 했나
서열의 항원성 점수를 계산한다	했다 — 0.47 → 1.70
단백질을 실제로 만든다	안 했다
세포에 넣어 제시되는지 본다	안 했다
동물에 접종해 항체·T세포를 잰다	안 했다
사람에서 안전성과 효능을 본다	안 했다
감염을 막는지 본다	안 했다

첫 줄만 했습니다. 나머지 다섯 줄이 전부 비어 있습니다. 그 다섯 줄이 백신을 백신으로 만드는 줄입니다.

점수를 면역 세기로 읽으면 세 가지 틀린 결론이 곧바로 따라 나옵니다.

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# 점수는 무엇과 상관이 있고 무엇과 상관이 없나
print("VaxiJen 점수가 오르는 진짜 원인 (8강)")
print("  전체 CDS 0.47 -> MEVC 1.70")
print("  길이   1273 aa -> 309 aa")
print("  에피토프 밀도가 올라갔다. 희석하는 자리가 사라졌다.")
print()

print("만약 점수가 면역 세기와 같은 것이라면 이런 말이 성립해야 합니다")
claims = [
    "전장 백신 BNT162b2 는 VaxiJen 이 낮으니 효과가 낮다",
    "에피토프만 촘촘히 이으면 이을수록 더 좋은 백신이 된다",
    "점수를 2.0 으로 올리면 1.70 보다 더 나은 백신이다",
]
for c in claims:
    print("  -", c)
print()
print("세 문장 모두 틀렸습니다.")
print("첫째 — 전장 백신 둘은 사람에게서 실제로 작동합니다.")
print("둘째 — 촘촘히 이으면 이음매가 늘어납니다 (15강).")
print("셋째 — 점수를 올리는 것과 백신을 좋게 하는 것은 다른 일입니다.")
print()
print("점수는 '거르는 자' 입니다. '주장의 근거' 가 아닙니다.")

그러면 왜 계산하나

17강과 같은 답입니다. 견주고 거르는 데 씁니다.

계산은 순서를 정하는 데 쓴다 · 계산은 결론을 내는 데 쓰지 않는다

후보가 1,443개일 때 무엇을 먼저 실험할지 정해야 합니다. 그때 항원성 점수가 높은 쪽을 먼저 보는 것은 합리적입니다. 실험할 순서를 정하는 것과 실험을 대신하는 것은 다릅니다.

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항원성 점수 1.70 에 대해 말할 수 있는 문장은?

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VaxiJen 점수가 실제로 재는 것은?

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