13. 링커 넷 — EAAAK · GPGPG · AAY · KK · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 III

이 강의의 이모지가 매듭(🪢) 인 까닭이 여기 있습니다. 구조체는 조각을 묶어서 만듭니다. 그리고 무엇으로 묶느냐가 성질을 정합니다.

링커는 그냥 이어 붙이는 끈이 아닙니다. 링커마다 맡은 일이 다릅니다.

링커	길이	어디에	맡은 일
`EAAAK`	5	보조제와 나머지 사이	뻣뻣한 링커 — 구조를 떼어 놓는다
`GPGPG`	5	HTL 조각 사이	항원 처리와 구조 유연성
`AAY`	3	CTL 조각 사이	프로테아솜 절단과 MHC class I 제시
`KK`	2	B세포 조각 사이	리소좀 처리와 에피토프 분리

링커를 골라 보세요. 그 링커가 어디에 쓰이고 무엇을 하는지, 바꾸면 무엇이 깨지는지 봅니다.

불러오는 중…

왜 무리마다 다른 링커인가

제시되는 길이 자체가 다르기 때문입니다.

CTL (class I) · AAY

세포질의 프로테아솜이 잘라서 만든 9 아미노산 조각이 MHC class I 에 실립니다. 절단이 정확해야 합니다

HTL (class II) · GPGPG

엔도솜·리소좀에서 처리되어 15 아미노산쯤이 class II 에 실립니다. 유연성이 더 중요합니다

같은 끈으로 다 묶으면 어느 한쪽의 처리가 어긋납니다. 링커를 고르는 것은 그 조각이 어느 경로로 제시될지를 고르는 것입니다.

링커가 39 자리를 씁니다. 전체의 12.6% 입니다 — 싸지 않지만 없으면 안 되는 값입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 링커가 구조체 길이에서 차지하는 몫
links = [("EAAAK", 5, 1, "보조제 뒤 — 뻣뻣하게 떼어 놓기"),
         ("GPGPG", 5, 4, "HTL 사이 — 항원 처리와 유연성"),
         ("AAY",   3, 4, "CTL 사이 — 프로테아솜 절단"),
         ("KK",    2, 4, "B세포 사이 — 리소좀 처리")]

total_link = 0
print("%-7s %4s %4s %5s  %s" % ("링커", "길이", "개수", "합계", "맡은 일"))
for name, ln, n, job in links:
    s = ln * n
    total_link += s
    print("%-7s %4d %4d %5d  %s" % (name, ln, n, s, job))
print()
print("링커가 쓰는 자리 합계 : %d 아미노산" % total_link)
print("구조체 전체 309 에서 차지하는 몫 : %.1f 퍼센트" % (total_link / 309 * 100))
print()
print("에피토프가 쓰는 자리 (HTL 75 + CTL 45) : 120 아미노산")
print("링커 %d 자리를 쓰고 에피토프 120 자리를 지킵니다." % total_link)
print()
print("링커는 낭비가 아닙니다. 링커가 없으면 에피토프가")
print("제 모양으로 잘려 나오지 않습니다.")
print()
print("주의 — 링커 개수는 '조각 사이에만 넣는다' 는 어림입니다. 인용 금지.")

🤔 확인 문제

AAY 링커가 맡은 일은?

해설 AAY 는 CTL(class I) 조각 사이에 들어갑니다. 세포질의 프로테아솜이 그 자리를 잘라 9 아미노산 조각을 정확히 내놓게 합니다.

🤔 확인 문제

EAAAK 를 뻣뻣한 링커로 고른 까닭은?

🤔 확인 문제

무리마다 다른 링커를 쓰는 까닭을 가장 잘 말한 것은?