9. 독성 세 조각 — 그리고 이미 빠져 있었다는 사실 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps III

스파이크 전체(1,273 아미노산)를 ToxinPred 의 protein scanning 모드에 넣었더니 독성 가능성이 있는 조각이 셋 나왔습니다. 논문이 그대로 적어 둔 서열입니다.

VCGPKKSTNLVKNKC
CGPKKSTNLVKNKCV
GPKKSTNLVKNKCVN

이 세 줄은 이 강의 전체에서 유일하게 진짜인 펩타이드 서열입니다. 논문은 고른 에피토프의 서열을 주지 않았습니다. 그래서 다른 곳에서는 자리표(CTL1 …)를 씁니다 — 지어내지 않기 위해서입니다.

창을 한 칸씩 밀어 보세요. 세 줄이 어떻게 한 자리에서 나오는지 보입니다.

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셋이 아니라 하나입니다. 17 아미노산짜리 자리를 15 아미노산 창으로 훑으면 정확히 3 조각이 나옵니다.

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# 세 조각이 정말 한 자리인지 직접 확인한다
a = "VCGPKKSTNLVKNKC"
b = "CGPKKSTNLVKNKCV"
c = "GPKKSTNLVKNKCVN"

for name, s in [("1", a), ("2", b), ("3", c)]:
    print("조각 %s  길이 %2d  %s" % (name, len(s), s))
print()

print("이웃한 두 조각이 한 칸 밀린 것인지 확인")
print("  조각1 의 2번째부터 끝까지 == 조각2 의 처음부터 끝-1까지 ? ", a[1:] == b[:-1])
print("  조각2 의 2번째부터 끝까지 == 조각3 의 처음부터 끝-1까지 ? ", b[1:] == c[:-1])
print()

# 셋을 합치면 원래 자리가 나온다
region = a + c[-2:]
print("셋을 이어 붙인 원래 자리 :", region)
print("길이 :", len(region), "아미노산")
print()
print("검산 — 이 자리를 15 아미노산 창으로 훑으면 몇 조각이 나오나")
n_win = len(region) - 15 + 1
print("  %d - 15 + 1 = %d 개" % (len(region), n_win))
wins = [region[i:i+15] for i in range(n_win)]
for i, w in enumerate(wins, 1):
    mark = "  <- 논문의 조각" if w in (a, b, c) else ""
    print("  %d  %s%s" % (i, w, mark))
print()
print("세 조각은 서로 다른 세 곳이 아니라 한 자리 %d 아미노산입니다." % len(region))

그런데 — 셋 다 이미 빠져 있었다

논문이 솔직하게 적어 둔 대목이 여기입니다.

세 조각은 최종 MEVC 에 애초에 들어 있지 않았다

독성 검사가 무언가를 빼낸 것이 아닙니다. 앞 단계에서 이미 걸러져 있었고, 독성 검사는 확인만 한 것입니다.

이렇게 읽으면 틀린다

“독성 검사가 위험한 세 조각을 제거했다”

이렇게 읽어야 한다

“전체 CDS 에 독성 의심 자리가 한 곳 있었고, 최종 구조체에는 그 자리가 이미 없었다” — 검사는 확인이었다

🤔 Check yourself

논문이 보고한 독성 의심 조각 셋의 관계는?

Answer VCGPKKSTNLVKNKC → CGPKKSTNLVKNKCV → GPKKSTNLVKNKCVN 는 한 칸씩 밀려 있습니다. 셋을 이으면 VCGPKKSTNLVKNKCVN 17 아미노산 한 자리입니다.

🤔 Check yourself

세 조각이 최종 MEVC 에 이미 없었다는 사실이 뜻하는 것은?

🤔 Check yourself

이 강에서 지어내면 안 되는 것은?