Lesson 14 of 20
보조제 HBD2 — 짧은 조각은 혼자 못 깨운다
Step 3 · 사람 β-디펜신 2 · PDB 1FD3 · N 말단
문제가 하나 있습니다. 짧은 펩타이드는 면역을 잘 못 깨웁니다.
면역계는 아무거나 보고 놀라지 않습니다. “위험하다” 는 신호가 함께 와야 수지상세포가 움직이고 T세포가 불려 옵니다. 에피토프만 이어 붙인 짧은 단백질은 그 신호를 주지 못합니다.
그래서 보조제(adjuvant) 를 붙인다
논문이 고른 보조제는 사람 β-디펜신 2(HBD2) 입니다. 구조는 PDB 1FD3 에서 받았고, 구조체의 N 말단에 붙였습니다.
보조제가 차지하는 자리
12강에서 어림한 것을 다시 봅니다. 구조체 309 아미노산 가운데 우리가 길이를 아는 조각(에피토프 120 + 링커 39 + EAAAK 5 를 포함해 165)을 빼면 144 자리가 남습니다. 그 안에 보조제와 B세포 에피토프 다섯이 들어갑니다.
보조제가 공짜가 아닌 까닭
자리를 차지합니다. mRNA 가 길어지고, 번역할 것이 늘고,
15강의 이음매 문제도 한 군데 더 생깁니다
그래도 붙이는 까닭
보조제가 없으면 에피토프가 아무리 좋아도
면역이 시작되지 않을 수 있습니다. 시작되지 않으면 나머지는 의미가 없습니다
309 × 3 = 927. IV 권이 보고한 최적화 MEVC 길이와 정확히 맞습니다 — 내부 검산이 통과합니다.
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왜 하필 N 말단인가
논문은 보조제를 N 말단에 두었습니다. 그리고 바로 뒤에 뻣뻣한 링커 EAAAK 를 붙였습니다. 이 둘은 한 벌입니다.
끝에 두면
한쪽 면이 자유롭습니다. 제 모양으로 접히고
바깥을 향할 수 있습니다
가운데 두면
양쪽에서 잡아당깁니다. 에피토프 사슬 사이에 끼어
묻힐 수 있습니다
초인종을 벽 안쪽에 달면 눌리지 않습니다. 바깥에 달아야 합니다. 그리고 EAAAK 가 그 초인종을 벽에서 한 뼘 떼어 놓습니다 — 13강에서 본 뻣뻣한 링커의 노릇입니다.
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짧은 에피토프 구조체에 보조제를 붙이는 까닭은?
Answer 면역계는 “위험 신호” 가 함께 와야 움직입니다. 에피토프만 이어 붙인 짧은 단백질은 그 신호를 못 줍니다. 보조제가 초인종 노릇을 합니다.
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논문이 고른 보조제와 그 출처는?
Answer HBD2, 구조는 PDB 1FD3. 6VXX 는 I·II 권에서 쓴 스파이크 구조입니다 — 섞이지 않게 하십시오.
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309 × 3 = 927 이라는 검산이 뜻하는 것은?
Answer 서로 다른 절에서 따로 보고된 두 숫자가 맞아떨어졌습니다. 내부 일관성 검산이 통과한 것이고, 그래서 두 숫자를 조금 더 믿을 수 있습니다. 이것이 “실험으로 확인됐다” 는 뜻은 물론 아닙니다.