16. 309 아미노산의 신상명세 — ProtParam 여섯 숫자 · 손박사의 mRNA백신 설계 첫걸음 III

구조체가 완성됐습니다. ExPASy ProtParam 에 넣으면 신상명세가 나옵니다.

값	숫자	이 숫자가 허락하는 말
길이	309 아미노산	역번역하면 927 뉴클레오타이드다
분자량	33.74 kDa	중간 크기 단백질이다
불안정성 지수	26.94	30 미만이라 “안정” 으로 분류된다
반감기 (사람 세포)	> 30 시간	빨리 분해될 것으로 예측되지는 않는다
지방족 지수	74.24	열안정성 쪽 지표가 낮지 않다
GRAVY	−0.146	음수 = 친수성 = 물에 잘 녹을 것으로 예측된다

여섯 값을 눌러 보세요. 각 숫자가 무엇을 허락하고 무엇을 허락하지 않는지 나옵니다.

불러오는 중…

33.74 kDa ÷ 309 = 109.2 Da/잔기. 잔기 평균 질량 110 Da 과 맞습니다 — 두 숫자가 서로를 지지합니다.

Python 브라우저에서 실행

# 여섯 숫자가 서로 어긋나지 않는지 검산한다
aa   = 309        # 논문
kda  = 33.74      # 논문
inst = 26.94      # 논문
ali  = 74.24      # 논문
grav = -0.146     # 논문

print("검산 1 — 분자량과 길이가 맞나")
per = kda * 1000 / aa
print("  %.2f kDa / %d 아미노산 = %.1f Da / 잔기" % (kda, aa, per))
print("  단백질 잔기의 평균 질량은 대략 110 Da 입니다.")
print("  차이 %.1f Da — 크기가 맞습니다." % abs(per - 110))
print()

print("검산 2 — 역번역 길이")
print("  %d x 3 = %d 뉴클레오타이드" % (aa, aa * 3))
print("  Step 4 가 보고한 최적화 MEVC 길이 927 과 맞나 :", aa * 3 == 927)
print()

print("판정 — 각 문턱에 견주면")
print("  불안정성 지수 %.2f  (30 미만이면 안정)  -> %s"
      % (inst, "안정" if inst < 30 else "불안정"))
print("  GRAVY %.3f  (음수면 친수성)          -> %s"
      % (grav, "친수성" if grav < 0 else "소수성"))
print("  지방족 지수 %.2f                      -> 열안정성 지표" % ali)
print()
print("주의 — 110 Da 는 일반적인 평균값이고 논문에 있는 값이 아닙니다.")
print("검산에 쓴 것이지 인용할 값이 아닙니다.")

“안정” 이라는 낱말을 조심하십시오

말할 수 있다

불안정성 지수가 26.94 로 계산됐고, ProtParam 의 기준인 30 미만이므로 “안정” 으로 분류된다

말할 수 없다

이 단백질이 실제로 안정하다. 시험관에서도, 세포 안에서도, 아무도 재 보지 않았다

불안정성 지수는 아미노산 이웃 쌍의 조성에서 계산합니다. 단백질을 만들어 본 적도, 분해를 재 본 적도 없습니다. “반감기 > 30시간” 도 같은 성질의 규칙 기반 추정입니다.

여섯 숫자 가운데 설계를 되돌릴 수 있는 것

여섯 숫자가 다 같은 무게는 아닙니다. 나빴다면 설계를 고쳐야 했을 숫자가 있습니다.

값	나빴다면	무게
GRAVY	양수였다면 안 녹아 뭉칩니다 — 정제도 면역도 어려워집니다	크다
불안정성 지수	30 을 넘었다면 빨리 분해될 것으로 분류됩니다	크다
지방족 지수	낮았다면 열안정성 지표가 낮다는 정도	중간
반감기	짧게 추정됐다면 참고 사항	중간
분자량 · 길이	설계에서 이미 정해진 값입니다	검산용

앞의 둘이 나빴다면 에피토프 조합이나 링커를 바꿔야 했을 것입니다. 그런 뜻에서 ProtParam 은 마지막 관문이기도 합니다 — 여기서 걸리면 12강으로 되돌아갑니다.

다만 이 논문에서는 여섯 숫자가 모두 무난하게 나왔고, 되돌아간 기록은 없습니다.

🤔 확인 문제

GRAVY −0.146 이 뜻하는 것은?

🤔 확인 문제

불안정성 지수 26.94 에 대해 말할 수 있는 것은?

🤔 확인 문제

33.74 kDa ÷ 309 아미노산 ≈ 109 Da/잔기 라는 검산이 확인해 주는 것은?