20. Step 3 을 끝내고 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

스무 강이 끝났습니다. 우리가 한 일을 한 줄로 적으면 이렇습니다.

29,620 개를 5 개로 줄이고, 그 다섯을 309 아미노산 하나로 묶었다

이제 가장 중요한 일이 남았습니다. 무엇을 말할 수 있고 무엇을 말할 수 없는지 가르는 일입니다.

문장을 하나씩 판정해 보세요. 근거가 있는 문장과 뛰어넘은 문장이 갈립니다.

불러오는 중…

말할 수 있는 것 / 말할 수 없는 것

말할 수 있다	말할 수 없다
퍼센타일 순위 ≤ 1.6 으로 29,620 개에서 1,443 개가 남았다	그 1,443 개가 사람에게서 실제로 제시된다
항원성 예측 점수가 CDS 0.47 → MEVC 1.70 으로 올랐다	MEVC 가 실제로 더 면역원성이 높다
독성 의심 자리 한 곳이 최종 구조체에 들어 있지 않았다	이 구조체가 독성이 없다
고른 에피토프가 HLA 분포상 인구 99.82% 를 덮는다고 계산됐다	인구 99.82% 가 이 백신에 반응한다
PC90 이 3.39 로 계산됐다	사람 열에 아홉이 실제로 서너 개를 알아본다
불안정성 지수가 26.94 로 계산되어 ‘안정’ 으로 분류됐다	이 단백질이 실제로 안정하다
309 × 3 = 927, +12 = 939 bp 로 프레임이 맞는다	이 구조체가 실제로 발현된다

왼쪽 칸은 전부 “계산되었다 · 분류되었다 · 남았다” 로 끝납니다. 오른쪽 칸은 전부 “그렇다” 로 끝납니다. 그 차이가 전부입니다.

과장은 대개 동사에서 나옵니다. 동사를 “계산되었다” 로 바꿔 보는 것이 가장 싼 점검입니다.

Python 브라우저에서 실행

# 문장을 자동으로 판정해 보는 아주 단순한 검사기
safe_words = ["계산", "예측", "분류", "남았다", "보고", "설정"]
claim_words = ["실제로", "일으킨다", "반응한다", "안전하다", "효과", "막는다", "생긴다"]

sentences = [
    "퍼센타일 순위 1.6 으로 걸러 1443 개가 남았다",
    "이 백신은 인구의 99.82 퍼센트에게 실제로 효과가 있다",
    "VaxiJen 항원성 점수가 0.47 에서 1.70 으로 올랐다고 보고되었다",
    "MEVC 가 스파이크 전체보다 강한 면역반응을 일으킨다",
    "불안정성 지수 26.94 로 안정으로 분류되었다",
    "이 단백질은 사람 세포에서 30시간 넘게 실제로 남아 있다",
]

print("%-52s %s" % ("문장", "판정"))
print("-" * 66)
for s in sentences:
    has_safe = any(w in s for w in safe_words)
    has_claim = any(w in s for w in claim_words)
    if has_claim:
        v = "넘어감 — 근거 없음"
    elif has_safe:
        v = "괜찮음"
    else:
        v = "애매 — 동사를 확인"
    print("%-52s %s" % (s[:50], v))
print()
print("이 검사기는 아주 단순합니다. 낱말만 봅니다.")
print("그래도 대부분의 과장을 잡아냅니다 — 과장은 대개 동사에서 나오기 때문입니다.")
print()
print("글을 쓸 때 스스로에게 물으십시오 :")
print("  이 문장의 동사를 '계산되었다' 로 바꿔도 뜻이 남아 있나?")
print("  남아 있지 않다면, 그 문장은 자료가 뒷받침하지 않는 것입니다.")

이 논문이 재지 않은 것

실험이 하나도 없다

세포도, 동물도, 사람도 없습니다. 전부 서버와 계산입니다

전달체가 범위 밖이다

지질나노입자(LNP)는 저자들이 명시적으로 범위 밖이라고 적었습니다. 전달이 안 되면 나머지는 의미가 없습니다

독립 재현이 안 된다

원자료 접근번호가 없습니다. 같은 결과를 다시 만들어 확인할 방법이 없습니다

마지막 항목이 특히 아픕니다. 이 강의에서 우리가 쓴 값들 — 29,620 · 1,443 · 1.70 · 99.82 — 은 논문을 믿어야만 쓸 수 있습니다. 목록이 공개되지 않아 직접 세어 볼 수가 없습니다. 그래서 이 논문은 SPOW 심사에서 재현성 항목(R4)을 통과하지 못했습니다.

다음 권으로

권	걸음	무엇을
I	Step 1	표적 유전자 지정과 서열 확보
II	Step 2	도메인·모티프·에피토프 주석 달기
III (여기)	Step 3	거르기와 MEVC 설계
IV	Step 4	코돈 최적화와 RNA 이차 구조 — 927 nt 가 거기서 이어집니다
V	Step 5	인실리코 검증 — 939 bp 와 6262 bp 가 거기서 이어집니다
VI	선택	비번역 부위와 뉴클레오타이드 화학적 변형

19강에서 검산한 숫자들이 그대로 다음 두 권의 출발점입니다. 309 → 927 → 939 → 6262. 이 줄을 기억하십시오.

🤔 확인 문제

이 논문의 모든 수치에 대해 옳은 것은?

🤔 확인 문제

이 논문이 독립 재현이 안 된다고 하는 까닭은?

🤔 확인 문제

글을 쓸 때 과장을 막는 가장 싼 점검은?