Lesson 3 of 20
IC₅₀ — 셋째 자, 쓸 수도 있고 안 쓸 수도 있다
Step 3 · < 50 nM 매우 강한 결합자 · < 500 nM 보통 결합자
가게에 손님 둘이 왔습니다. 둘 다 그 물건을 사 갔습니다. 그런데 한 명은 1,000원에 사 갔고 한 명은 10만원을 내야 사 갔습니다.
누가 더 그 물건을 원했을까요. 적게 내고 가져간 쪽입니다.
이것이 IC₅₀ 입니다. 자리의 절반을 차지하려면 얼마나 진한 농도가 필요한가. 농도가 낮을수록 세게 붙는 것입니다. 단위는 나노몰라(nM) 입니다.
IC₅₀ 도 작은 수가 좋은 수다
세 자를 나란히 놓으면
| 자 | 좋은 방향 | 논문의 문턱 | 어디서 오나 |
|---|---|---|---|
| 퍼센타일 순위 | 작을수록 | <1% 강함 · 1~2% 중간 · 걸러낼 때 ≤1.6 | NetMHCpan EL (IEDB) |
| EL 점수 | 클수록 (1 에 가깝게) | 따로 정하지 않았다 | NetMHCpan EL (IEDB) |
| IC₅₀ (nM) | 작을수록 | <50 매우 강함 · <500 보통 | IEDB 또는 NetMHCpan-4.1 |
세 자가 같은 것을 재고 있습니다 — 결합의 세기. 그래서 대개 서로 맞습니다. 그런데 정확히 겹치지는 않습니다. 순위는 그 대립유전자 안의 등수이고, IC₅₀ 는 절대 농도입니다.
같은 IC₅₀ 인데 등수가 다르고, 같은 등수인데 IC₅₀ 가 다릅니다. 어느 자를 쓰는지가 선택입니다.
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왜 셋째 자를 굳이 두나
보태면 좋은 것
절대 세기를 알려 줍니다. 순위 0.4% 라도 IC₅₀ 가 2,000 nM 이면
“이 HLA 는 원래 아무것도 잘 못 붙잡는다” 는 뜻일 수 있습니다
보태면 생기는 값
자가 늘면 문턱도 늘고 임의성도 늡니다.
세 자를 다 통과해야 한다고 정하면 남는 개수가 급격히 줄고,
왜 그 조합인지 설명해야 합니다
논문은 순위 하나로 굵게 자르고, 나머지는 실험 근거와 안전성에 맡겼습니다. 자를 늘리는 대신 자의 종류를 바꾼 것입니다. 5강과 6강이 그 이야기입니다.
🤔 Check yourself
IC₅₀ 가 25 nM 인 펩타이드는 논문의 분류에서?
Answer 25 nM 은 50 nM 보다 작으므로 매우 강한 결합자입니다. 500 nM 미만이라는 조건도 당연히 만족합니다 — 두 칸은 겹치는 구간입니다.
🤔 Check yourself
퍼센타일 순위와 IC₅₀ 의 관계를 옳게 말한 것은?
Answer 둘 다 결합 세기를 재지만 기준점이 다릅니다. 너그러운 HLA 에서는 IC₅₀ 40 nM 이 평범한 등수일 수 있고, 까칠한 HLA 에서는 같은 40 nM 이 최상위입니다. 그리고 이 논문의 IC₅₀ 도 예측값입니다 — 실험으로 잰 것이 아닙니다.