1. 29,620개는 백신이 아니다 — 거르기가 설계다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps III

채용 공고를 하나 냈습니다. 이력서가 29,620장 왔습니다.

이력서가 많은 것은 좋은 일이 아닙니다. 뽑을 자리는 다섯입니다. 29,620장을 다 면접 보면 회사가 망합니다. 그래서 거릅니다 — 학점으로 한 번, 면접으로 한 번, 신원조회로 한 번.

II 권에서 우리는 이력서를 모았습니다. 이 권에서는 거릅니다. 그리고 뽑힌 다섯을 한 팀으로 묶습니다.

네 갈래(CTL · HTL · 선형 B · 입체 B)를 눌러 각 갈래의 깔때기를 봅니다.

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왜 못 줄이면 백신이 안 되나

📏

길이

mRNA 는 길면 덜 안정하고 덜 번역됩니다. 에피토프를 다 실으면 스파이크 전체보다 길어집니다

🎯

특이성

구조체를 만드는 이유 자체가 좁고 정확하게 겨누는 것입니다. 다 실으면 전장 CDS 와 다를 게 없습니다

☣️

안전

예측된 조각 중에는 독성·알레르기성이 의심되는 것이 섞여 있습니다. 거르지 않으면 같이 실립니다

거르기는 귀찮은 뒷정리가 아닙니다. 거르기가 설계입니다. 무엇을 남길지 정하는 순간 백신의 성질이 정해집니다.

두 단계의 성격이 다릅니다. 1단계는 20배, 2단계는 289배 — 진짜 칼질은 2단계입니다.

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# 깔때기의 산수 — 세 숫자를 비율로 바꿔 본다
pred_i, keep_i, final_i = 29620, 1443, 5
pred_ii, keep_ii, final_ii = 5671, 99, 5

print("MHC class I (CTL) — 9 아미노산")
print("  예측           %8d" % pred_i)
print("  순위 <= 1.6    %8d   (%.2f%% 통과)" % (keep_i, keep_i / pred_i * 100))
print("  최종 구조체    %8d   (%.4f%% 통과)" % (final_i, final_i / pred_i * 100))
print()
print("MHC class II (HTL) — 15 아미노산")
print("  예측           %8d" % pred_ii)
print("  순위 <= 1.6    %8d   (%.2f%% 통과)" % (keep_ii, keep_ii / pred_ii * 100))
print("  최종 구조체    %8d   (%.4f%% 통과)" % (final_ii, final_ii / pred_ii * 100))
print()
print("한 단계마다 몇 배로 줄었나 (class I)")
print("  1단계  예측 -> 순위 : %6.1f 배" % (pred_i / keep_i))
print("  2단계  순위 -> 최종 : %6.1f 배" % (keep_i / final_i))
print("  전체               : %6.0f 배" % (pred_i / final_i))

네 갈래가 모두 5개로 끝난다

갈래	예측된 수	순위 1.6 뒤	최종
MHC class I (CTL · CD8+)	29,620	1,443	5
MHC class II (HTL · CD4+)	5,671	99	5
선형 B세포	1,266	—	5
입체 B세포	10	—	5 (표면접근 상위 4개로 검증)

B세포 갈래에는 순위 칸이 비어 있습니다. 퍼센타일 순위는 MHC 결합 예측의 자이고, B세포 에피토프는 MHC 에 붙지 않습니다. 자가 다르면 칸도 비어 있어야 합니다 — 비어 있는 칸을 채운 척하지 않는 것이 이 표의 미덕입니다.

거르기는 세 층이다

1층 · 계산이 말한다

퍼센타일 순위 · EL 점수 · IC₅₀. “이 조각이 이 HLA 에 붙을 것 같은가” 를 예측합니다. 2~4강

2층 · 실험이 말한다

IEDB 에 사람에서 실제로 재 본 기록이 있는가. 기록이 많은 조각을 앞세웁니다. 5강

3층 · 위험이 말한다

항원성(VaxiJen) · 독성(ToxinPred) · 알레르기성(AllerTOP). 붙기만 하면 안 됩니다. 6강

세 층의 순서가 중요합니다. 1층만 쓰면 계산이 잘 맞은 조각을 고르는 것이고, 2층을 더하면 사람에게서 이미 확인된 조각으로 옮겨 가고, 3층을 더하면 실어도 되는 조각만 남습니다.

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이 강의의 등뼈가 되는 세 숫자는?

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두 단계 가운데 더 세게 줄인 쪽은?

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선형 B세포 갈래의 “순위 1.6 뒤” 칸이 비어 있는 까닭은?