19강 / 20강
워크플로 파일 — 공정을 글로 적는다
Wei 2023 · Fig. 1b · Fig. 2b · Fig. S2·S3 — 밸브 6 · 펌프 7 · 저장통 11
이 상자에서 가장 덜 화학적이면서 가장 중요한 부분입니다. 사용자는 실험을 하는 것이 아니라 파일을 고릅니다.
| 워크플로 파일 | 무엇을 하나 |
|---|---|
test | 자가시험 — 밸브·펌프·온도가 제대로 도는지 |
wash | RNase ZAP 한 번 + DEPC 처리수 세 번 |
pcr | 온도 순환 · 사이클 수 |
ivt | 시약 넣기 · 37 °C 2시간 · 플런저 섞기 파라미터 |
digest | DNase 넣기 · 15분 |
tailing | E-PAP 넣기 · 1시간 |
purify | 비드 · 자석 · 세척 · 용출 |
파일 하나는 밸브를 어떻게 돌리고 펌프를 몇 초 돌릴지의 목록입니다. 사람이 하던 절차가 그대로 숫자가 된 것입니다.
밸브와 펌프가 만드는 상태공간을 세어 봅니다. 그리고 세척이 잔류물을 얼마나 줄이는지도요.
Python
브라우저에서 실행
RNase 규율 — 보이지 않는 적
RNase 는 어디에나 있습니다. 손끝, 침, 먼지, 시약통. 그리고 아주 튼튼합니다 — 끓여도 살아나고, 고압멸균도 완전히 이기지 못합니다. 그래서 규율은 “죽인다” 가 아니라 “못 들어오게 한다” 입니다.
| 이 논문이 한 일 | 왜 |
|---|---|
| 모든 용액을 0.1% DEPC 처리수로 만든다 | DEPC 가 RNase 의 활성 자리를 화학적으로 막는다 |
| 모든 원심관을 고압멸균 | 기본 |
| 모든 표면을 RNase Zap 으로 닦는다 | 표면에 붙은 것을 지운다 |
새 실험 전 wash 파일 — ZAP 1회 + DEPC 수 3회 | 배관에 남은 이전 실험 잔재와 RNase 를 씻는다 |
| 정제 완충액에 RNase 억제제 0.5 U/µL | 그래도 들어온 것을 막는다 |
다섯 겹입니다. 어느 하나가 완벽해서가 아니라 겹쳐야 안전하기 때문입니다.
🤔 확인 문제
워크플로 파일이 이 논문에서 갖는 위치를 옳게 말한 것은?
해설 논문이 워크플로 파일을 Supporting Information 에 통째로 실은 것이 답입니다. 그것이 이 논문의 Methods 입니다.
🤔 확인 문제
RNase 를 막는 방법을 다섯 겹으로 쌓는 까닭은?
해설 RNase A 는 끓여도 다시 접혀 활성을 되찾는 것으로 유명합니다. 제거가 아니라 배제와 억제를 겹치는 것이 실무의 답입니다.