17. RBD 백신 — 가운데 글자만 갈아 끼운다 · 유박사의 mRNA 즉석 합성기 첫걸음 I

eGFP 로 공정을 확인한 다음, 논문은 진짜 백신을 만듭니다. 주형의 가운데 글자만 바꿉니다.

AUG ─ [ SP 1–14 ] ─ [ RBD 319–541 ] ─ ... ─ AAA…
       신호서열        수용체 결합 부위
GenBank NC_045512 (Wuhan-Hu-1) 의 스파이크 유전자에서, 코돈 최적화해서

토막	잔기	왜 넣나
SP 신호서열	1–14	만든 단백질을 세포 밖으로 내보내라는 우편번호
RBD	319–541	바이러스가 ACE2 와 악수하는 손. 중화항체의 주된 표적

스파이크 전체는 1273 잔기입니다. 여기서는 237 잔기만 씁니다.

짧은 항원을 고르면 같은 질량에 더 많은 분자가 들어가고, 온전한 비율도 올라갑니다.

Python 브라우저에서 실행

# 왜 전장이 아니라 RBD 인가 — 길이가 수율과 분자 수에 어떻게 옮겨 붙는지 본다.
aa_rbd  = (541 - 319 + 1) + 14      # RBD + 신호서열
aa_full = 1273
utr = 250                            # 5'+3' UTR 을 대략 250 nt 로 잡는다

def nt(aa): return aa * 3 + utr + 150     # 코딩 + UTR + poly(A) 150

print("%-14s %6s %8s %16s" % ("구성", "아미노산", "mRNA nt", "1 µg 안의 분자 수"))
for name, aa in (("SP+RBD", aa_rbd), ("스파이크 전장", aa_full)):
    n = nt(aa)
    mols = (1e-6 / (n * 330.0)) * 6.022e23
    print("%-14s %6d %8d %16.3e" % (name, aa, n, mols))

print()
r = nt(aa_full) / nt(aa_rbd)
print("전장은 %.1f 배 길다 → 같은 µg 이면 분자 수는 1/%.1f" % (r, r))
print("게다가 T7 은 긴 것을 만들 때 중간에 떨어지는 일이 더 잦다 — 짧을수록 온전한 비율이 높다.")

스파이크 위에서 토막을 골라 보세요. 어디를 자르면 어떤 항원이 되는지 보입니다.

불러오는 중…

Fig. 6b 와 6c — 공정이 그대로 돌았다는 증거

논문은 eGFP 때와 똑같은 검사를 되풀이합니다. 이것이 요점입니다.

그림	무엇을 보였나	eGFP 때와 견주면
6b	PCR 산물 젤 — 상용기 것과 이 상자 것, 그리고 포획 뒤 상등액	Fig. 3c + 4d 와 같은 검사
6c	Bioanalyzer — 원하는 길이의 봉우리	Fig. 4e 와 같은 검사
수율	280 µg (1400 ng/µL)	eGFP 의 198~324 µg 범위 안

같은 검사, 같은 결과. 이것이 “서열을 바꿔도 공정이 그대로 돈다” 는 주장의 증거입니다. 논문이 하려던 말은 “RBD 백신을 만들었다” 가 아니라 “가운데 글자를 바꿔도 상자가 똑같이 돌았다” 입니다.

🤔 확인 문제

논문이 eGFP 다음에 RBD 를 만든 진짜 목적은?

🤔 확인 문제

스파이크 전장이 아니라 RBD 만 쓴 것의 공정상 이점은?