6. 자성 비드 — 원심분리기 없이 건져 올린다 · 유박사의 mRNA 즉석 합성기 첫걸음 I

상자 안에는 원심분리기가 없습니다. 회전하는 무거운 부품을 넣으면 크기도 진동도 감당하기 어렵습니다. 대신 자석을 씁니다.

원리는 단순합니다. 붙잡고 싶은 것에 자석에 끌리는 구슬을 달아 두고, 자석을 대면 구슬만 벽에 붙습니다. 나머지 액체를 빨아내면 끝입니다.

붙잡을 것에 손잡이를 달고 → 자석을 대고 → 나머지를 버린다

이 상자는 이 수법을 두 번 씁니다. 종류가 다른 비드를 두 번 쓰는 것이 요점입니다.

언제	비드	붙잡는 것	손잡이
PCR 뒤 (6강)	친수코팅 스트렙타비딘 비드	주형 DNA	프라이머에 단 비오틴
꼬리 뒤 (12강)	oligo d(T)25 비드	mRNA	방금 붙인 poly(A) 꼬리

포획 조건을 뜯어 보면

1 mL 완충액 :  NaCl 0.72 M · Tris-HCl 20.0 mM (pH 7.5) · EDTA 1.0 mM
조건        :  30 °C, 45 분

🧂

NaCl 0.72 M

소금이 음전하끼리 밀어내는 힘을 가려 줍니다. 없으면 DNA 가 비드에 다가가지 못합니다

🧪

EDTA 1 mM

금속 이온을 붙잡아 DNase 를 재웁니다. 아직 주형을 지울 때가 아닙니다

⏳

45분

확산으로 만나는 데 드는 시간. II권의 흐름 방식이 가장 크게 줄이는 자리입니다

비드 양과 시간을 밀어 보세요. 상등액에 남는 양이 젤에서 보이는지 안 보이는지가 갈립니다.

불러오는 중…

“띠가 없다” 는 “전부 잡았다” 가 아닙니다. 검출한계 아래로 내려갔다 는 뜻입니다.

Python 브라우저에서 실행

# Fig. 4d: 상등액 레인에 '뚜렷한 띠가 없었다'. 그것이 몇 %를 뜻하나.
# 아가로스 젤 EtBr 염색의 검출한계는 대략 1~5 ng/lane 이다.
loaded_ng   = 500.0      # PCR 산물을 레인에 500 ng 올렸다고 하자
lod_ng      = 3.0        # 눈에 보이기 시작하는 하한

pct_invisible = lod_ng / loaded_ng * 100
print("레인에 올린 양 %.0f ng, 검출한계 %.0f ng" % (loaded_ng, lod_ng))
print("→ 띠가 '안 보인다' 가 보장하는 것은 회수율 %.1f%% 이상, 그 이상은 아니다." % (100 - pct_invisible))
print()
for cap in (0.90, 0.95, 0.99, 0.995):
    left = loaded_ng * (1 - cap)
    seen = "보인다" if left >= lod_ng else "안 보인다"
    print("포획률 %5.1f%% → 상등액 %6.1f ng → 젤에서 %s" % (cap * 100, left, seen))

🤔 확인 문제

자석을 쓰는 가장 큰 실용적 이유는?

🤔 확인 문제

포획 완충액에 NaCl 을 0.72 M 이나 넣는 까닭은?