3강 / 20강
주형 — T7 프로모터 · UTR · 그리고 가운데 글자
Wei 2023 · Results “System design” — 서열이 바뀌어도 공정은 그대로
상자가 “범용” 이라고 말할 수 있는 근거는 주형의 생김새에 있습니다.
[비오틴]─[T7 프로모터]─[5′ UTR]─[ GOI — 만들고 싶은 단백질 ]─[3′ UTR]─[프라이머 자리]
가운데 GOI(gene of interest) 만 바뀝니다. eGFP 든 SARS-CoV-2 의 RBD 든 어떤 암의 신생항원이든, 양옆은 그대로 두고 가운데만 갈아 끼웁니다. 그러면 PCR 프라이머도, IVT 조건도, DNase 도, 꼬리도, 정제도 전부 그대로 씁니다.
“서열에 무관한 공정” 이라는 말이 이 뜻입니다. 무관한 것은 공정이지 수율이 아닙니다 — 길이가 길어지면 수율은 떨어집니다.
왜 플라스미드가 아니라 PCR 인가
화이자/바이오엔텍은 플라스미드에서 시작합니다 — 대장균을 키워 플라스미드를 뽑고, 잘라서 선형으로 만든 뒤 전사합니다. 이 상자는 그 대신 PCR 로 주형을 만듭니다.
플라스미드
균 배양 · 정제 · 제한효소 절단이 필요합니다. 며칠. 대신 양이 많고 값이 쌉니다.
PCR
시험관 안에서 두 시간. 살아 있는 세포가 필요 없습니다. 상자 안에 넣을 수 있는 유일한 길입니다.
대신 대가가 있습니다. PCR 은 실수를 합니다. 주형 안에 오류가 섞여 들어가고, 그 오류는 전사되어 mRNA 로 옮겨 갑니다. 이 상자는 그 문제를 다루지 않았습니다 — 20강의 “말할 수 없는 것” 에 적어 둘 항목입니다.
질량은 분자 수가 아닙니다. 길이가 다르면 같은 µg 이 같은 개수를 뜻하지 않습니다.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
이 상자를 “범용(universal)” 이라 부를 수 있게 해 주는 것은?
해설 범용성은 주형의 틀 에서 옵니다. 양 끝이 같으면 프라이머도 같고 조건도 같습니다. 가운데만 바꾸면 되므로 워크플로 파일을 다시 짤 필요가 없습니다.
🤔 확인 문제
프라이머 끝에 비오틴을 다는 까닭은?
해설 비오틴–스트렙타비딘은 자연계에서 알려진 가장 센 비공유 결합 가운데 하나입니다. PCR 산물에 미리 손잡이를 달아 두면 6강에서 자석 하나로 건져 올릴 수 있습니다.