14강 / 20강
UMI — PCR 이 만든 사본을 세지 않는다
분자마다 다른 무작위 꼬리표
라이브러리를 만들 때 PCR 을 합니다. 양이 모자라니까요.
그런데 PCR 은 모든 분자를 똑같이 늘리지 않습니다. GC 함량, 길이, 2차 구조에 따라 어떤 것은 잘 늘고 어떤 것은 덜 늡니다.
읽기 수 ≠ 원래 분자 수
UMI(Unique Molecular Identifier) 가 이 문제를 풉니다. 원리는 단순해요.
1. PCR 하기 전에 분자마다 무작위 12글자를 붙인다
2. PCR 로 늘린다 — 사본들은 같은 UMI 를 갖는다
3. 시퀀싱한다
4. 세어야 할 것은 읽기 수가 아니라 서로 다른 UMI 의 개수
4번이 핵심입니다. 같은 UMI 가 100번 읽혔다면 원래 분자는 하나였어요.
UMI 를 4 nt 로 줄이면 얼마나 겹칠까요?
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
UMI 가 PCR 이전에 붙어야 하는 이유는?
해설 UMI 의 목적은 PCR 사본을 하나로 묶는 것입니다. PCR 뒤에 붙이면 사본마다 다른 UMI 를 받아 전부 따로 세지게 돼요.