13강 / 20강
10x GEM — 기름방울 하나에 세포 하나
SI 「A library for single-cell RNA sequencing was constructed using the 10x Genomics 5' kit」
단일세포 시퀀싱의 물음은 이것입니다 — 이 mRNA 가 어느 세포에서 왔나?
세포를 하나씩 따로 처리하면 되지만, 수만 개를 그렇게 할 수는 없습니다. 10x 는 이렇게 풉니다.
1. 세포 현탁액과 바코드 비드를 각각 다른 관으로 흘려보낸다
2. 두 흐름이 만나는 자리에 기름을 흘려 방울로 끊는다
3. 방울 하나 = 세포 하나 + 비드 하나 (이것을 GEM 이라고 부른다)
4. 방울 안에서 세포가 터지고, 비드의 바코드가 그 세포의 mRNA 에 붙는다
5. 방울을 깨서 전부 합친다 — 이제 바코드로 세포를 구별할 수 있다
비드 하나에 붙어 있는 올리고는 이렇게 생겼습니다.
[읽기 프라이머]-[세포 바코드 16 nt]-[UMI 12 nt]-[polyT]
세포 바코드는 비드마다 다르고, UMI 는 올리고 하나하나가 다릅니다.
🤔 확인 문제
10x 의 GEM 에서 세포 바코드가 붙는 시점은 언제일까요?
해설 방울 안에 갇혀 있는 동안 붙습니다. 그래서 방울을 깨서 합쳐도 어느 세포에서 왔는지가 서열에 남아 있어요.