3강 / 20강
RNA 품질 — RIN 과 DV200
SI 「RNA quality was assessed by Agilent 2100 bioanalyzer」·「DV200 assessment (threshold 30%)」
/molassay 4강에서 NanoDrop 은 온전함을 못 본다고 했습니다.
라이브러리를 만들기 전에는 그것을 반드시 봐야 합니다.
보는 방법이 Bioanalyzer 입니다. 아주 작은 전기영동을 칩 안에서 돌려, RNA 조각의 길이 분포를 봅니다.
RIN 은 18S · 28S rRNA 봉우리가 얼마나 뚜렷한지로 매깁니다. RNA 가 부서지면 두 봉우리가 무너지고 낮은 쪽에 잔해가 쌓여요.
왜 FFPE 에는 DV200 을 쓰나
FFPE 조직(/cytohist 14강)의 RNA 는 이미 부서져 있습니다.
포르말린이 RNA 에 화학적 변형을 남기고, 수십 년 보관하는 동안 더 끊어져요.
그런 RNA 는 RIN 이 거의 다 2 아래로 나옵니다. 2.1 과 1.8 을 견줘 봐야 아무 뜻이 없죠. 변별력이 없습니다.
그래서 다른 잣대를 씁니다 — "200 뉴클레오타이드보다 긴 조각이 몇 %인가."
DV200 > 30% → 쓸 수 있다
논문의 Xenium 실험이 이 문턱을 썼습니다. 왜 200 일까요? 프로브가 붙으려면 그만한 길이가 필요하기 때문입니다.
FFPE 는 RIN 으로는 구별이 안 되지만 DV200 으로는 갈립니다.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
FFPE 조직의 RNA 품질을 RIN 대신 DV200 으로 재는 이유는?
해설 RIN 은 18S·28S 봉우리로 매기는데, FFPE 에서는 그 봉우리가 이미 무너져 있습니다. 다들 2 아래로 나와 서로 견줄 수가 없어요.