Lesson 12 of 20
PAGE 크기선별 — 어댑터 이합체를 잘라 버린다
SI 「libraries were cleaned up using QIAquick PCR Purification Kit and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) gel」
miRNA 라이브러리에는 특별한 문제가 있습니다. 인서트가 22 nt 로 아주 짧다는 것.
어댑터가 앞뒤로 붙으면 완성품이 대략 147 bp 가 됩니다. 그런데 어댑터끼리만 붙은 이합체는 128 bp 예요.
차이가 겨우 19 bp
보통의 정제 방법(컬럼·비드)으로는 이 둘을 못 가릅니다. 너무 가까우니까요.
그래서 PAGE 젤을 씁니다 — 폴리아크릴아마이드 젤은 해상도가 아주 높아 20 bp 차이도 갈라냅니다.
1. 라이브러리를 PAGE 젤에 올려 돌린다
2. 염색해서 띠를 본다 — 147 bp 와 128 bp 두 띠가 보인다
3. 147 bp 띠만 칼로 오려 낸다
4. 젤 조각에서 DNA 를 뽑아낸다
이합체 비율을 60%로 올리면 얼마나 낭비될까요?
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miRNA 라이브러리에서 PAGE 크기선별이 특히 중요한 이유는?
Answer 19 bp 차이입니다. 컬럼이나 비드로는 이 정도를 못 갈라요. PAGE 는 해상도가 높아 가능합니다.