15강 / 20강
【실습】 세포를 몇 개 넣을까 — 이중체율의 계산
논문 Fig. S15 · QC 뒤 29,343 세포
GEM 을 만들 때 세포를 몇 개 넣을지 정해야 합니다. 많이 넣을수록 많이 읽지만, 이중체가 늡니다.
/cytohist 3강에서 본 이중체와 같은 문제입니다 —
방울 하나에 세포 둘이 들어가면, 두 세포의 mRNA 가 같은 바코드를 받아
존재하지 않는 세포 하나로 읽힙니다.
방울에 들어가는 세포 수는 포아송 분포를 따릅니다.
P(k개) = e−λ λk / k!
λ 는 방울당 평균 세포 수입니다. 그런데 방울이 세포보다 훨씬 많아서 λ 가 아주 작아요 — 그래서 대부분의 방울이 비어 있습니다.
8만 개를 넣으면 이중체율이 얼마나 될까요?
Python
브라우저에서 실행
논문의 QC 를 다시 본다
/cytohist 12강에서 본 값들입니다.
| 거른 것 | 왜 |
|---|---|
| 검출 유전자 200개 미만인 세포 | 빈 방울이거나 부서진 세포 |
| 3개 미만의 세포에서만 보이는 유전자 | 잡음일 가능성 |
| 미토콘드리아 전사체 비율이 높은 세포 | 죽어 가는 세포 — 막이 깨져 세포질 RNA 가 새어 나감 |
Fig. S15 의 바이올린 플롯이 이 QC 를 보여 줍니다 — 유전자 200~7,000개, 미토콘드리아 15% 미만.
그러고 남은 것이 29,343개입니다.
🤔 확인 문제
10x 에서 세포를 너무 많이 넣으면 생기는 문제는?
해설 이중체입니다. 서로 다른 두 세포가 하나의 세포로 읽혀요 — 존재하지 않는 세포 종류가 만들어집니다.