20강 / 20강
넘기기 — 네 라이브러리가 네 강의로
이 20강이 끝나는 자리 · 말할 수 있는 것과 없는 것
네 갈래로 나뉜다
그리고 /spatial — Xenium 이 준 좌표가 붙은 전사체.
이 강의에서 정한 것들이 그쪽 강의의 제약이 됩니다.
| 여기서 정한 것 | 거기서 생기는 제약 |
|---|---|
| QuantSeq 3′ 방식 (11강) | /bulk 에서 아이소폼을 못 본다 |
| 성숙 miRNA 에 정렬 (19강) | /mirna 에서 새 miRNA 를 못 찾는다 |
CD45⁺ 만 분주 (/cytohist 12강) | /immune 에 암세포가 없다 |
| 5,000개 프로브 패널 (16강) | /spatial 에서 패널 밖 유전자를 못 본다 |
분석으로는 되돌릴 수 없는 제약들입니다. 라이브러리를 만들 때 이미 정해진 것이니까요.
이 20강에서 말할 수 있게 된 것
| 말할 수 있다 | 근거 |
|---|---|
| 이 RNA 는 라이브러리를 만들 만큼 온전하다 | RIN · DV200 > 30% (3강) |
| 여러 시료를 섞어 읽고 갈라낼 수 있다 | 인덱스 · 해밍 거리 (6강) |
| 읽기 수가 아니라 UMI 수가 분자 수다 | PCR 편향 제거 (14강) |
| 이 세포의 mRNA 다 | 세포 바코드 (13강) |
| 이 자리에 이 전사체가 있었다 | Xenium 인시츄 (16강) |
| 말할 수 없다 | 이유 |
|---|---|
| "이 유전자는 발현되지 않는다" | 패널에 없거나 프로브가 안 붙었을 수 있다 (16강) |
| "읽기가 많으니 발현이 높다" | 길이·GC·PCR 편향이 섞인다 (11·14강) |
| "이 조건에 RNA 가 더 많았다" | 절편 면적·품질 차이와 못 가른다 (18강) |
| "이 세포는 진짜 세포 하나다" | 이중체일 수 있다 (15강) |
| "어떤 아이소폼인지" | 3′ 만 읽었다 (11강) |
이 표가 습식 여섯 과목의 지도입니다.
Python
브라우저에서 실행
🤔 확인 문제
QuantSeq 3′ 방식으로 만든 라이브러리로는 분석 단계에서 무엇을 할 수 없을까요?
해설 3′ 끝만 읽었으므로 가운데가 어떻게 이어졌는지 모릅니다. 분석으로는 되돌릴 수 없는 제약이에요 — 라이브러리를 만들 때 이미 정해졌습니다.