5강 / 20강
어댑터를 붙인다 — 결찰이라는 이어 붙이기
SI 「total RNA from each sample was used to ligate the adaptors」
2강에서 본 라이브러리 구조를 만들려면, 내 시료 조각의 양 끝에 정해진 서열을 붙여야 합니다.
붙이는 방법이 둘 있습니다.
결찰 (ligation)
리가아제가 DNA 끝과 끝을 이어 붙인다
small RNA 라이브러리가 이 방식 —
miRNA 는 원래 짧고 온전하니까
small RNA 라이브러리가 이 방식 —
miRNA 는 원래 짧고 온전하니까
프라이머로 심기
역전사·PCR 프라이머 꼬리에 어댑터를 달아 둔다
QuantSeq 3′ 방식이 이쪽 —
역전사하면서 저절로 붙는다
QuantSeq 3′ 방식이 이쪽 —
역전사하면서 저절로 붙는다
논문의 small RNA 라이브러리는 결찰을 씁니다.
total RNA from each sample was used to ligate the adaptors and then cDNA was
synthesized using reverse-transcriptase with adaptor-specific primers.
순서를 눈여겨보세요 — 어댑터를 먼저 붙이고, 그 어댑터에 맞는 프라이머로 역전사를 합니다. RNA 상태에서 붙이는 것이죠.
🤔 확인 문제
small RNA 라이브러리에서 어댑터를 RNA 상태에서 먼저 결찰하는 이유는?
해설 mRNA 는 길어서 잘라 써야 하지만, miRNA 는 이미 22 nt 입니다. 그 자체가 인서트라 양 끝을 그대로 살려 어댑터를 붙여요.