This lesson is only available in Korean for now.
A FASTQ file
does not fall from the sky
All four dry-lab courses begin with one file — but never say where it came from.
These 20 lessons fill that gap, and end at the point that matters: the choices made while building a library become constraints no analysis can undo.
How you'll learn
📄Start from one line of the paper
Every lesson unfolds one line from the paper's methods. The subtitle of each lesson says exactly which line.
▶️Run the numbers yourself
Every calculation and curve is worked out by hand, right in the browser. Nothing to install.
🎛️Decide it differently
Change a value and you see exactly where the conclusion wobbles. That is what the widgets are for.
⚖️Only what can be claimed
The final lesson separates what these experiments can claim from what they cannot.
Full curriculum
01
FASTQ 는 하늘에서 떨어지지 않는다
논문이 만든 네 가지 라이브러리 · 이 20강의 지도
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02
시퀀서가 읽을 수 있는 모양 — 라이브러리란 무엇인가
왜 RNA 를 그대로 넣을 수 없나
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03
RNA 품질 — RIN 과 DV200
SI 「RNA quality was assessed by Agilent 2100 bioanalyzer」·「DV200 assessment (threshold 30%)」
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04
네 가지를 견준다 — 무엇을 알고 싶으냐가 방법을 정한다
bulk · small RNA · 10x · Xenium
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05
어댑터를 붙인다 — 결찰이라는 이어 붙이기
SI 「total RNA from each sample was used to ligate the adaptors」
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06
인덱스 — 여러 시료를 한 레인에 섞어 넣기
SI 「After pooled libraries were denatured」
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07
클러스터 — 한 조각을 수천 개로 불려 밝게 만든다
SI 「TruSeq Rapid PE Cluster Kit and TruSeq Rapid SBS Kit」
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08
SBS — 한 글자씩 붙이며 사진을 찍는다
SI 「TruSeq Rapid SBS Kit」 · 왜 뒤로 갈수록 부정확해지나
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09
100 bp 페어드엔드 — 읽기 길이와 방향을 정한다
SI 「the 100 bp paired-end mode ... with HiSeq 2500」
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10
【실습】 FASTQ 한 레코드를 뜯어본다
네 줄에 무엇이 들어 있나 · 어댑터가 보이는 자리
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11
QuantSeq 3′ — 왜 끝만 읽나
SI 「RNA from samples was isolated and subjected to QuantSeq 3' mRNA-Seq」
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12
PAGE 크기선별 — 어댑터 이합체를 잘라 버린다
SI 「libraries were cleaned up using QIAquick PCR Purification Kit and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) gel」
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13
10x GEM — 기름방울 하나에 세포 하나
SI 「A library for single-cell RNA sequencing was constructed using the 10x Genomics 5' kit」
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14
UMI — PCR 이 만든 사본을 세지 않는다
분자마다 다른 무작위 꼬리표
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15
【실습】 세포를 몇 개 넣을까 — 이중체율의 계산
논문 Fig. S15 · QC 뒤 29,343 세포
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16
Xenium — 자르지 않고 조직 안에서 읽는다
SI 「The Xenium In Situ Gene Expression assay (Cat# 1000672)」
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17
Xenium 절차 열한 단계 — 절편에서 이미지까지
SI Xenium 문단 · 5 µm · 42 °C · DV200 · 자가형광 소광
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18
전사체 수를 읽는다 — 네 조건의 숫자가 말하는 것
SI 「(1) WT+isotype 198,792 ... (4) KD+anti-PD1 217,301 transcripts」
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19
파이프라인 — FASTQ 다음에 무엇이 오나
SI 「Trimmomatic – STAR – HTSeq」·「CellRanger v6.1.0」·「Xenium Explorer」
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20
넘기기 — 네 라이브러리가 네 강의로
이 20강이 끝나는 자리 · 말할 수 있는 것과 없는 것
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