T세포를 다시 나눈다 — 5,006개 패널로 어디까지 되나

17강에서 우리는 얼마나 들어왔나 를 쟀습니다. 논문의 마지막 그림(Fig. 8)은 그 다음을 묻습니다 — 들어온 T세포가 어떤 T세포인가.

같은 T세포라도 하는 일이 정반대입니다.

소진 T세포와 조절 T세포가 가득한 종양은, 숫자로만 보면 "면역세포가 많이 들어왔다" 입니다. 세는 것만으로는 좋은 소식인지 나쁜 소식인지 알 수 없어요.

논문 Fig. 8 의 주장은 네 줄입니다 — Ddx54 녹다운과 항-PD1 을 함께 하면 효과·기억 T세포가 늘고, 소진 T세포와 조절 T세포가 준다.

먼저 패널을 확인합니다 — 8강의 습관

공간전사체는 미리 고른 유전자만 봅니다(8강). 아형을 나누려면 표지자가 패널 안에 있어야 해요. 없으면 아무리 좋은 방법도 소용없습니다.

그런데 T세포가 너무 적습니다

우리가 13~17강에서 쓴 자료는 표본마다 25,000 세포씩 뽑은 조각입니다. 그 안의 T세포는 전부 합해 2,000개뿐이에요 (표본마다 276~711개).

CD4/CD8 로 나누고 다시 다섯 아형으로 나누면 칸이 열 개가 됩니다. 276개를 열 칸에 나누면 칸마다 서른 개 남짓이에요. 그 숫자로는 아무 말도 할 수 없습니다.

표본 네 개의 원본에는 세포가 19만~40만 개씩 있습니다. 그중 Cd3 가 한 번이라도 찍힌 세포만 골라 내면 — 22,976개가 나옵니다. 열한 배예요. 필요한 유전자는 서른다섯 개뿐이라, 거대한 행렬을 통째로 읽지 않고 그 유전자 줄만 걸러 읽었습니다 (tools/prep6_tcell.py).

CD4 인가 CD8 인가 — 여기서 자료가 무너집니다

논문 Fig. 8 은 CD4 와 CD8 을 따로 봅니다. 효과 T세포가 늘었다는 말은 CD8 에서 뜻이 있고, 조절 T세포가 줄었다는 말은 CD4 에서 뜻이 있으니까요.

그래서 우리도 갈라야 하는데 — 갈라 보면 이렇습니다.