프로테아좀이 링커를 자른다는 말
Discussion · 링커 선택의 근거
2강에서 AAY 를 쓰는 까닭을 "프로테아좀이 Y 뒤를 잘 자른다"
고 적었습니다. 이 말을 조금 더 정확히 볼 차례입니다.
백신 단백질이 세포 안에서 만들어지면, 그대로 T세포에게 보이지 않습니다. 먼저 잘려야 합니다. 자르는 기계가 프로테아좀(proteasome) 입니다. 통 모양이고, 단백질을 안으로 끌어들여 짧은 조각으로 썰어 냅니다.
그 조각 가운데 MHC I 에 들어맞는 것만 세포 표면에 실려 나갑니다. 잘린 자리가 곧 에피토프의 양 끝입니다.
왜 하필 AAY 인가
프로테아좀은 아무 데나 자르지 않습니다. 자르는 자리에 취향이 있습니다. 특히 크고 납작한 곁사슬 뒤를 잘 자릅니다 — 타이로신(Y), 페닐알라닌(F), 트립토판(W) 같은 것들입니다.
그래서 조각 뒤에 ...AAY 를 붙여 두면, 프로테아좀이
Y 바로 뒤를 자를 확률이 높아집니다. 그 자리가 다음 에피토프의
시작점이 됩니다.
에피토프가 설계한 그대로 나온다
에피토프가 두 동강 나고, 없던 조각이 생긴다
이 논문이 하지 않은 것
링커를 고른 근거는 전부 자르는 쪽의 성질이었습니다. 그렇다면 자르기를 예측해 보는 것이 자연스럽습니다. 그런 도구가 있습니다 — NetChop, PCPS 같은 절단 예측기입니다.
이 논문은 그 가운데 아무것도 쓰지 않았습니다. Methods 에 절단 예측이 없습니다. I 권에서 본 대로 NetCTL 이 C말단 절단을 내부적으로 고려하긴 하지만, 그것은 스파이크 단백질 안에서의 절단이지 이 구조물 안에서의 절단이 아닙니다.
구조물 안에서 이웃이 바뀐 뒤에도 똑같이 잘리는지는 재지 않았습니다.
두 경로는 자르는 곳이 다르다
CTL 에피토프와 HTL 에피토프는 서로 다른 곳에서 잘립니다. 그래서 링커도 다릅니다.
| CTL (MHC I) | HTL (MHC II) | |
|---|---|---|
| 자르는 곳 | 세포질의 프로테아좀 | 엔도솜의 카텝신 |
| 취향 | 큰 곁사슬(Y·F·W) 뒤 | 염기성 잔기(K·R) 뒤 등 |
| 고른 링커 | AAY | GPGPG |
| 길이 요구 | 8~11 — 엄격하다 | 느슨하다 — 홈이 뚫려 있다 |
GPGPG 는 자르는 취향을 노린 것이 아닙니다. HTL 쪽은 길이에
너그러우므로 띄워 두는 것만으로 충분합니다. 링커의 성격이 다른 까닭이
여기 있습니다.