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Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps III

29,620 epitopes
are not a vaccine

Part II found the epitopes. This part filters and ties them.
One cutoff — percentile rank ≤ 1.6 — cuts 29,620 down to 1,443; experimental evidence and three safety screens cut 1,443 down to 5. The survivors are tied with four linkers (EAAAK, GPGPG, AAY, KK) into a 309-residue construct.
You will run the internal checks yourself, such as 309 × 3 = 927. Python runs right inside this page. There is nothing to install.

🐍 Python🪢 linkers⏬ the funnel 📊 percentile rank🛡️ safety screens🌏 population coverage🇬🇧 English

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How you'll learn

⏬Three numbers to remember

29,620 → 1,443 → 5. This funnel is the spine of the course; every lesson tells you where in it you are.

📏Each ruler measures one thing

Rank measures binding, assay counts measure record, coverage measures HLA frequency. We always name what each cannot measure.

🪢Pick the knot, then tie

EAAAK, GPGPG, AAY and KK each do a different job. Choosing a linker is choosing a presentation pathway.

🚧Write down what cannot be said

Every number in this paper is a prediction. Lessons 17, 18 and 20 draw that boundary.

Full curriculum

29,620개는 백신이 아니다 — 거르기가 설계다

Step 3 · 예측 29,620 → 상위 1.6% 1,443 → 최종 5

퍼센타일 순위 — 낮을수록 세게 붙는다

Step 3 · NetMHCpan EL · <1% 강한 결합자 · 1~2% 중간

IC₅₀ — 셋째 자, 쓸 수도 있고 안 쓸 수도 있다

Step 3 · < 50 nM 매우 강한 결합자 · < 500 nM 보통 결합자

1.6 이라는 금 — 29,620 에서 1,443 이 남는다

Step 3 · 집단 적용범위 계산에 쓴 엄격한 컷오프

실험 근거 — 점수보다 assay 수를 먼저 본다

Step 3 · IEDB host Human · class I+II · 모든 assay 종류

안전성 셋 — 항원성 · 독성 · 알레르기성

Step 3 · VaxiJen 0.4 (Virus) · ToxinPred · AllerTOP

깔때기를 직접 만든다 — 단계마다 몇이 남나

Step 3 · 2~6강의 자를 순서대로 이어 붙인다

0.47 에서 1.70 으로 — 모으면 점수가 오른다

Step 3 · VaxiJen 항원성 · 전체 CDS 0.47 · MEVC 1.70

독성 세 조각 — 그리고 이미 빠져 있었다는 사실

Step 3 · ToxinPred protein scanning · 논문이 준 유일한 실제 펩타이드 서열

99.82% · 5.18 · 3.39 — 숫자 셋을 따로 읽는다

Step 3 · IEDB Population Coverage · World · class I+II 합쳐

PC90 3.39 — 겹침이 탈출을 막는다

Step 3 · 인구의 90%가 에피토프–HLA 조합 3~4개를 알아본다

구조체를 쌓는다 — 보조제부터 B세포까지

Step 3 · 보조제 → EAAAK → HTL(GPGPG) → CTL(AAY) → B세포(KK)

링커 넷 — EAAAK · GPGPG · AAY · KK

Step 3 · 각 링커가 맡은 일이 다르다

보조제 HBD2 — 짧은 조각은 혼자 못 깨운다

Step 3 · 사람 β-디펜신 2 · PDB 1FD3 · N 말단

이음매 에피토프 — 링커가 막으려는 것

Step 3 · 조각을 이으면 없던 조각이 생긴다

309 아미노산의 신상명세 — ProtParam 여섯 숫자

Step 3 · 33.74 kDa · 불안정성 26.94 · 반감기 >30h · 지방족 74.24 · GRAVY −0.146

함정 — 적용범위는 HLA 빈도 계산이지 접종 결과가 아니다

Step 3 · 99.82% 를 잘못 읽는 가장 흔한 방식

함정 — 점수가 높다고 면역이 센 것은 아니다

Step 3 · VaxiJen 1.70 을 잘못 읽는 방식

구조체를 처음부터 다시 쌓는다 — 프레임 · 연속성 · 종결코돈

Step 3 종합 · 309 aa → 927 nt → 939 bp 까지 검산

Step 3 을 끝내고 — 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

Step 3 정리 · 모든 수치는 인실리코 예측이며 실험 검증이 없다