Lesson 21 of 22

판정 — 이 자료로 무엇을 말해도 되나

확인된 것 · 방향만 맞은 것 · 말할 수 없는 것을 갈라 적는다

20강까지 온 길을 문장 단위로 채점합니다. 기준은 하나 — 이 자료만 가지고 그 문장을 써도 되는가.

High school문장 단위로 채점한다

22강까지 온 길을 문장 단위 로 채점한다. 세 칸으로 나눈다.

칸	뜻
확인된 것	이 자료로 직접 확인 가능
방향만 맞은 것	크기는 봤으나 유의성은 못 말함
말할 수 없는 것	설계가 허락하지 않음

왜 세 칸인가

"맞다/틀리다" 두 칸으로는 부족하다. 대부분의 결과가 가운데 칸 에 들어간다.

가운데 칸을 왼쪽으로 밀면 과장이고, 오른쪽으로 밀면 자료를 낭비하는 것이다.

증거에는 등급이 있다 — 이분법으로는 그 등급을 표현할 수 없다

판정을 코드로 적어 둡니다. 자료가 바뀌면 판정도 저절로 다시 계산됩니다.

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import im
import numpy as np
from math import comb

c = im.cells()
lp = im.pct("갈래")
p = im.pct()
lym = lp.loc["림프계"].values
nk = p.loc["NK세포"].values
neu = p.reindex([x for x in p.index if x.startswith("호중구")]).sum().values
tsel = c["세포유형"].isin(im.TCELL).values
t_n = [int((tsel & (c["표본"] == s).values).sum()) for s in im.SAMPLES]
tumor = int((c["세포유형"] == "종양세포 (오염)").sum())
min_p = 1 / comb(4, 1)

checks = [
    ("세포유형 지도를 그릴 수 있다", True,
     f"군집 22개 · 세포유형 {c['세포유형'].nunique()}가지"),
    ("소팅 품질을 점검할 수 있다", True,
     f"Ptprc 낮은 무리 {tumor}개, 한 표본에 몰림"),
    ("네 조건의 조성을 잴 수 있다", True,
     f"림프계 {lym[0]:.1f}% → {lym[3]:.1f}%"),
    ("시너지의 '모양' 을 볼 수 있다", True,
     f"단독 {lym[1]-lym[0]:+.1f}/{lym[2]-lym[0]:+.1f} vs 함께 {lym[3]-lym[0]:+.1f}%p"),
    ("닫힘을 보정해도 차이가 남는다", True, "호중구 제외 후에도 5.8배"),
    ("한 표본 안에서 세포유형을 견줄 수 있다", True, "세포가 수천 개"),
    ("리간드-수용체 가설을 세울 수 있다", True, "Cxcl9-Cxcr3 축 등"),
    ("T세포의 상태 변화를 말할 수 있다", min(t_n) >= 200,
     f"T세포 {t_n} — 세 칸이 부족"),
    ("조성 차이의 유의성을 말할 수 있다", min_p < .05,
     f"1대3 순열 최소 p = {min_p:.2f}"),
    ("변화를 Ddx54 처리 탓으로 돌릴 수 있다", False,
     "칸마다 생쥐 1마리 — 개체 효과와 뒤엉킴"),
]

print(f"{'문장':<36}{'판정':>6}  근거")
print("-" * 88)
for name, ok, why in checks:
    print(f"{name:<36}{'가능' if ok else '불가':>6}  {why}")
print("-" * 88)
n = sum(1 for _, ok, _ in checks if ok)
print(f"{n} / {len(checks)} 문장 가능")

결과 — 10개 중 7개 가능

✅ 써도 되는 문장 (7)

세포유형 지도 · 소팅 품질 점검 · 네 조건의 조성 · 시너지의 모양 · 닫힘 보정 후에도 남는 차이 · 표본 안 세포유형 비교 · 리간드-수용체 가설

세포가 많아서 할 수 있는 일들

❌ 쓰면 안 되는 문장 (3)

T세포 상태 변화 · 조성 차이의 유의성 · 변화를 Ddx54 탓으로 돌리기

표본이 넷이라 못 하는 일들

주목할 것은 ❌ 셋이 전부 '표본 수' 문제라는 점입니다. 세포를 열 배로 늘려도 하나도 해결되지 않습니다.

High school채점 결과

문장	등급
세포 37,585개에서 19가지 세포유형을 식별했다	확인
표본마다 조성이 크게 달랐다	확인
병용 표본에서 림프계 비율이 약 9배 높았다	확인 (기술적 사실)
병용이 림프계 침윤을 늘린다	방향만
골수계가 M1 쪽으로 이동했다	방향만 · 이름표 유의
세포독성 T세포가 활성화되었다	방향만 · 12강의 함정
병용이 시너지를 낸다	말할 수 없음 (검정 불가)
기전은 리간드 X 를 통한다	말할 수 없음 (가설)

확인 3 · 방향 3 · 불가 2 — 자료의 힘을 정직하게 나눈 결과

우리가 하지 않은 것 — 명확히 밝힙니다

지도를 우리가 만들지 않았습니다. QC 문턱(UMI 1,000 · 유전자 500 · 미토 15%), 고변동 유전자 2,000개, PCA 30차원, 군집 22개 — 전부 미리 정해 둔 값입니다. 바꾸면 세포유형 경계가 달라지고, 조성 숫자도 조금씩 달라집니다.

유전자 413개만 실었습니다. 전체 32,285개가 아니라 표지·시그니처·군집 표지를 골라 담은 것이라, 여기 없는 유전자는 확인할 수 없습니다(19강의 스트레스 유전자처럼).

세포를 표본마다 3,000개로 맞춰 뽑았습니다. 조성 비율은 유지되지만, 드문 세포유형은 전체보다 덜 정확합니다.

이중세포(doublet)를 제거하지 않았습니다. 두 세포가 한 방울에 들어간 것들이 군집 어딘가에 섞여 있을 수 있습니다.

재현 연구에서 안 한 것을 안 했다고 적는 일은 한 것을 적는 일만큼 중요합니다.

High school'방향만' 이 가장 유용한 칸이다

가운데 칸이 애매해 보이지만, 실제로 가장 값어치 있는 칸이다.

이 칸이 주는 것	내용
다음 실험의 가설	무엇을 검정할지 정해짐
효과 크기 추정	표본 수 계산에 필요
측정 방법 선택	무엇을 재야 할지 정해짐

9배라는 값이 특히 유용하다

효과가 이 정도로 크면 적은 표본으로도 검정 가능 하다. 효과가 1.2배였다면 수십 마리가 필요하다.

검정력 계산을 해 보면 조건당 서너 마리 로도 이 크기의 효과는 잡을 수 있다. 20강의 대안 설계가 현실적인 이유다.

방향과 크기를 아는 것만으로 다음 실험을 정확히 설계할 수 있다

🎮 판정기

기준을 옮겨 보세요. 같은 자료가 다른 결론이 됩니다.

High school이 채점표가 이 강의의 결과물이다

이 강의는 새로운 생물학적 발견 을 하지 않았다. 대신 어떤 발견이 이 자료로 가능한지 를 정리했다.

보통의 재분석	이 강의
새 결과를 찾음	기존 결과의 근거 강도를 잼
결론을 냄	결론의 범위를 정함

둘 다 필요하다

새 발견이 없으면 분야가 안 나아간다. 그런데 근거 강도를 재는 일 이 없으면 가짜 발견이 쌓인다.

재현 위기(replication crisis)라 불리는 문제가 여러 분야에서 나타난 이유가 두 번째 일을 안 해서 다.

발견을 늘리는 일과 발견을 검증하는 일은 같은 무게로 필요하다

🤔 Check yourself

❌ 로 판정된 셋의 공통점은?

🤔 Check yourself

'시너지의 모양을 볼 수 있다' 는 ✅ 인데 '유의성을 말할 수 있다' 는 ❌ 인 이유는?

🤔 Check yourself

QC 문턱과 군집 수를 미리 정해 둔 사실을 밝혀야 하는 이유는?