Lesson 14 of 22
골수계를 다시 나눈다 — 논문이 쓴 여섯 아형
논문 Fig. 7A·7B · SI Fig. S16 · 단핵구는 하나가 아니다
지금까지 우리 지도의 이름표는 19가지였습니다. 그 안에서 골수계는 이렇게 나뉘어 있었죠 — 단핵구 · 대식세포 세 종류 · 수지상세포 · 호중구 세 종류.
논문은 다르게 나눴습니다. 단핵구·대식세포 칸만 따로 떼어 여섯 아형으로 다시 갈랐어요 (Fig. 7A·7B). 왜 그랬을까요?
단핵구는 하나의 세포유형이 아니라 여러 상태이기 때문
단핵구는 골수에서 나와 핏속을 돌다가 조직으로 들어가 대식세포가 됩니다. 그 여정의 어디쯤에 있느냐, 그리고 어떤 신호를 받았느냐 에 따라 같은 이름의 세포가 정반대 일을 합니다.
M1 유사 — 암을 공격
암세포를 삼키고, 조각을 T세포에게 보여 줍니다.
활성산소를 뿜고 염증을 일으켜요. 종양에게 나쁜 소식입니다.
순환 단핵구 — 암을 돕는다
아데노신을 만들고 Tgf-β 를 뿌리고 면역관문을 켭니다.
면역억제 환경을 짓는 쪽이에요.
둘을 '단핵구' 한 칸에 넣어 세면, 늘어난 것과 줄어든 것이 서로 상쇄되어 아무 일도 없었던 것처럼 보입니다. 12강에서 본 심슨의 역설과 정확히 같은 함정이에요 — 이번에는 T세포가 아니라 골수계에서 벌어집니다.
표지자가 하나라도 없으면 그 아형은 애초에 찾을 수 없습니다.
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칸을 먼저 정한다 — 누구를 다시 나눌 것인가
여섯 아형으로 나눌 대상은 단핵구·대식세포 칸입니다. 호중구도 골수계지만 논문 Fig. 7 은 다루지 않아요. T세포를 이 칸에 섞으면 표지자가 전혀 안 맞으니 당연히 빼야 하고요.
이건 결정입니다. 어느 세포를 다시 나눌지 정하는 순간 그 밖의 세포는 이 분석에서 사라집니다.
T세포가 181·103·261·1082 로 모자랐던 것과 달리, 이 칸은 표본마다 천 개 안팎입니다.
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z 로 맞췄으므로 평균 0 · 표준편차 1 입니다 — 아형끼리 견줄 수 있게 하려는 것.
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가장 높은 점수로 이름을 붙인다 — 그리고 그것이 결정인 이유
세포마다 여섯 점수 중 가장 높은 것의 이름을 붙입니다. 간단하지만, 여기에 숨은 가정이 있어요.
가정
세포 하나는 한 아형에 속한다
사실
M1 점수 0.9 · 순환 점수 0.85 인 세포는
둘 사이에 있다. 그런데 우리는 M1 이라고 부른다
2강에서 "이름은 우리가 붙인 것" 이라고 했던 이야기가 한 층 더 안쪽에서 되풀이됩니다. 1등과 2등의 점수 차가 얼마나 벌어져 있는지 함께 보는 습관이 필요해요.
이름표의 3분의 1 가까이가 아슬아슬합니다 — 그래도 버리지 않고, 알고 씁니다.
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우리 이름표와 논문 이름표는 일대일로 만나지 않습니다 — 같은 세포를 다른 축으로 자른 것이니까요.
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🤔 Check yourself
단핵구를 여섯 아형으로 다시 나누는 가장 중요한 이유는?
Answer 12강의 심슨의 역설과 같은 문제입니다. M1 유사가 늘고 순환 단핵구가 줄면 '단핵구' 총합은 거의 그대로입니다. 합쳐 놓으면 반대 방향의 두 변화가 서로를 지웁니다.
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Egln3 과 Cd300a 를 원본에서 꺼내 조각에 덧붙인 이유는?
Answer M2형 단핵구는 Cxcl2·Cxcl3·Egln3 셋의 평균으로 정의됩니다. Egln3 이 없으면 둘의 평균이 되고, 그건 다른 정의입니다. 표지자 목록은 통째로 지켜야 합니다.
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1등과 2등 점수 차가 0.1 도 안 되는 세포를 어떻게 다뤄야 하나요?
Answer 버리면 어느 쪽에도 확실하지 않은 세포가 통째로 사라져 남은 세포만으로 결론이 선명해 보입니다. 그건 자료를 예쁘게 만드는 일이지 분석이 아닙니다. 알고 쓰는 것이 맞습니다.