Lesson 20 of 20

정리 — 들여보내는 일이 왜 이렇게 어려운가

20강 · 이 강의가 남기는 목록

이 자료로 말할 수 있는 것

불러오는 것은 된다

림프구 비율 3.01% → 7.98% (병용)
항-PD1 단독도 5.34% — 대조의 1.8배
골수세포 658 → 2,554개
→ 논문의 주장 A 와 일치

세포형마다 자리가 다르다

병용에서 둘레 종양비율
림프구 0.194 · 대식 0.211 · 섬유아 0.219
그런데 골수세포만 0.584
→ 골수세포는 종양과 섞여 있다

이 자료로 말할 수 없는 것

'중심까지 들어갔나'

거리도 둘레 조성도 병용에서 바깥을 가리킨다
그런데 증식 종양세포가 4,041 → 502
못 들어간 것인지 이미 치운 것인지 못 가른다

TLS

Cxcl13·Cr2 가 거의 안 잡힌다
25,000개 무작위 추출로 구조가 흩어진다
→ '뭉쳤다' 까지만 말한다

발현 비교

세포당 전사체 610 대 56 — 열 배 차이
표본을 가로지른 발현 평균은 깊이를 잰다
→ 위치와 비율만 믿는다 (14강)

Trm · 각인 · 시간

패널에 Cd69·Itgae 가 없다
한 시점의 사진이라 이동을 못 본다
조건마다 마우스가 한 마리

스무 강이 되풀이한 물음

'침윤했다' 를 무엇으로 잴 것인가

15강 — 개수 · 비율 · 밀도 · 거리 · 둘레 조성. 다섯이 같은 방향을 가리키지 않았습니다.
16강 — 거리는 기준점(종양세포)이 사라지면 뜻이 달라집니다.
17강 — 둘레 조성은 조직 구조가 바뀌면 함께 움직입니다.
19강 — 그래서 셋 중 하나는 판정 불가로 남았습니다.

지표를 고르는 것이 결론을 고르는 일입니다. 그래서 고르기 전에 무엇이 그 주장을 맞다고 만드는지를 먼저 적어야 합니다.

High school들여보내는 일이 왜 이렇게 어려운가

스무 강의 답을 한 줄로 줄이면 이렇다.

이동은 여러 단계의 사슬이고, 종양은 여러 곳을 동시에 막는다

막는 곳	강
혈관이 비정상	10강
접착 분자가 낮음	4 · 10강
케모카인이 꺼짐	13강
기질이 막음	12강
엉뚱한 곳에서 부름	12강 CXCL12

한 곳만 뚫어서는 소용없다 — 그래서 병용 치료가 필요하다

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# 스무 강의 숫자를 한 번에
import trf

print("=== 세포 조성 ===")
c = trf.comp()
for k in ["림프구", "골수세포", "대식세포", "증식 종양세포"]:
    print(f"{k:<12}" + "".join(f"{c.loc[k, s]:>9,}" for s in trf.ORDER))
print("순서: " + " · ".join(trf.ORDER))
print()
print("=== 다섯 가지 지표 ===")
print(trf.claim_table().to_string())
print()
print("=== 둘레 종양비율 (세포형별) ===")
print(trf.depth_table().to_string())

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# 53개 유전자를 골랐다는 것은 - 무엇을 못 보게 됐나
import trf

print(f"이 강의가 실은 유전자 {len(trf.genes())}개 / Xenium 패널 5,006개")
print()
못본것 = [
    "Cd69 · Itgae(CD103) - 조직 상주 T세포를 못 센다 (9강)",
    "PNAd 같은 당·단백질 표지 - HEV 를 확인 못 한다 (7강)",
    "시간 - 한 시점의 사진이라 이동 자체를 못 본다",
    "종양 경계 - 우리는 '가장 가까운 종양세포' 로 대신했다 (19강)",
    "마우스 사이의 변이 - 조건마다 한 마리다",
]
for x in 못본것:
    print(f"  - {x}")
print()
print("그리고 Xenium 패널 자체가 5,006개입니다 - 전사체 전체가 아니에요.")

High school이 강의에서 어긋난 자리들

강	어긋난 것
15강	다섯 지표가 같은 방향을 안 가리켰다
16강	거리는 기준점이 사라지면 뜻이 달라진다
17강	둘레 조성은 조직 구조가 바뀌면 함께 움직인다
19강	셋 중 하나는 판정 불가로 남았다

넷의 공통점

전부 "무엇을 재고 있나" 의 문제다.

"침윤" 이라는 개념은 명확한데 그것을 재는 방법 이 여럿이고, 그 방법들이 다른 것을 잰다.

개념이 명확해도 측정 방법이 여럿이면 결론도 여럿이 된다

High school이 강의가 남기는 습관

습관	나온 곳
이동을 사슬로 본다	1 · 4강
발현이 낮은 유전자는 깊이를 맞춘다	14강
지표를 여럿 쓰고 어긋남을 보고한다	15강
기준점이 안정적인지 확인한다	16강
주된 지표를 미리 정한다	19강
판정 불가를 적는다	19강

여섯 습관이 모두 "이 숫자가 무엇을 재고 있나" 를 묻는다

여기서 이어지는 강의

더 알고 싶은 것	어디로
좌표 자료를 다루는 도구 자체	`/spatial` 전체
세포형 이름을 어떻게 붙였나	`/spatial` 13·14강
병용에서 늘어난 골수세포가 무엇이 됐나	`/myeloid` 17~19강
왜 T세포가 애초에 안 만들어지나	`/escape` 11강 · `/innate` 16강
케모카인의 신호전달	`/cytokine`
H&E 로 TIL 세기	`/til` · `/cytohist`
B세포와 TLS	`/bcell` 17강

High school다음 걸음

관심	과목
공간 자료를 제대로 다루기	/spatial
침윤 측정과 통계	/til
케모카인의 생물학	/cytokine
면역 회피 전체 지도	/escape
면역관문 치료	/checkpoint
골수계와 기질	/myeloid

이 강의가 남기려는 한 문장

면역치료가 안 듣는 이유 중 큰 하나는 T세포가 없어서가 아니라 못 들어가서 다.

그리고 "못 들어간다" 를 확인하려면 위치를 재야 한다 — 개수가 아니라.

얼마나 있나보다 어디에 있나가 중요한 질문일 때가 있다

🤔 Check yourself

이 강의에서 가장 중요한 방법론적 교훈은?

🤔 Check yourself

'판정 불가' 라고 적는 것이 '틀렸다' 라고 적는 것보다 정직한 경우는?

🤔 Check yourself

이 강의가 발현 비교 대신 위치·비율을 주로 쓴 이유는?