20강 / 20강

두 답이 다를 때 — 같은 3.5% 가 같지 않았다

논문 Fig. S14 · 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것

1강에서 예고한 관찰로 돌아옵니다. 논문 Fig. S14 입니다.

Ddx54 넉다운만

면역세포 3.48%
조직 전체에 고르게 퍼져 있다

항-PD1 만

면역세포 3.66%
종양 가장자리에 몰려 있다

숫자로는 거의 같습니다. 유세포분석만 했다면 "둘이 비슷하다" 로 끝났을 거예요.

그런데 조직에서 보니 완전히 다른 그림이었습니다. 가장자리에만 몰린 면역세포는 종양 안쪽의 암세포에 닿지 못합니다. 고르게 퍼진 면역세포는 닿습니다.

같은 3.5% 가 같은 3.5% 가 아니다

이것이 이 강의가 세는 것과 보는 것을 함께 다룬 이유입니다.

고등학생같은 3.5%가 같지 않았다

1강에서 예고한 관찰로 돌아옵니다. 두 방법의 숫자가 비슷했는데도 뜻이 달랐어요.

	유세포분석	조직 정량
재는 것	CD45⁺ 중 CD8⁺ 비율	TIL 양성 칸의 비율
단위	세포	면적
범위	종양 전체를 흩음	절편 하나
세포 판정	표면 표지자	형태

숫자가 같아도 분모와 대상이 다르면 같은 뜻이 아닙니다.

고등학생왜 어긋날 수 있나

원인	어느 강
흩는 과정에서 세포 손실 · 편향	2강
절편 하나가 종양 전체를 대표 못 함	15강
H&E는 세포 유형을 확정 못 함	16·19강
비율의 분모가 다름	9강
면적과 개수는 다른 척도	19강

다섯 가지가 겹칩니다 — 어느 하나가 원인이라고 단정할 수 없습니다.

이 20강에서 말할 수 있게 된 것

말할 수 있다	근거
넷째 군에서 CD3·CD8 T 세포의 비율이 오른다	유세포분석, CD45⁺ 분모 (9·10강)
넷째 군에서 TIL 양성 칸의 비율이 오른다	WSI 딥러닝 정량 (19강)
두 방법이 같은 방향을 가리킨다	독립된 두 측정 (1·20강)
넉다운 군과 항-PD1 단독 군은 양이 같아도 분포가 다르다	Fig. S14 (20강)

말할 수 없다	이유
"CD8 T 세포 때문에 종양이 작아졌다"	같이 일어났을 뿐이다. T 세포를 지우는 실험이 없다 (10강)
"침윤률이 정확히 몇 %다"	칸 크기·양성 기준·분모를 바꾸면 값이 움직인다 (19강)
"림프구가 종양 안으로 들어왔다"	TIL 지도에는 종양 경계가 없다 — "조직 안" 까지다
"이 세포 종류가 없었다"	해리에 약한 세포는 죽어서 안 보이는 것과 구별되지 않는다 (3강)
"게이트 위치는 객관적이다"	FMO 로 정하더라도 결국 사람이 긋는 선이다 (7·11강)

고등학생그럼 어느 쪽을 믿나

물음	더 나은 방법
세포 유형을 정확히	유세포분석 — 표지자 여럿
어디에 있었나	조직 — 위치 정보
종양 전체를 대표	유세포분석 — 다만 손실 편향
침윤 여부	조직 — 안에 들어왔는지

두 방법은 경쟁하는 것이 아니라 보완합니다 — 각자 다른 질문에 답합니다.

숫자 하나로 줄이면 사라지는 정보가 있습니다.

Python 브라우저에서 실행

# 같은 침윤률, 다른 분포 — 암세포에 닿는 비율을 세어 본다
import numpy as np
rng = np.random.default_rng(2)
N = 60

def 조직(모드, 개수=180):
    g = np.zeros((N, N), int)
    yy, xx = np.mgrid[0:N, 0:N]
    r = np.sqrt((xx - N/2)**2 + (yy - N/2)**2)
    안쪽 = r < N * 0.32                       # 종양의 속
    if 모드 == "고르게":
        p = (r < N * 0.48).astype(float)
    else:                                     # 가장자리에만
        p = ((r >= N * 0.33) & (r < N * 0.48)).astype(float)
    p = p / p.sum()
    idx = rng.choice(N * N, 개수, p=p.ravel(), replace=False)
    g.ravel()[idx] = 1
    return g, 안쪽

for 모드 in ("고르게", "가장자리"):
    g, 안쪽 = 조직(모드)
    전체 = g.sum()
    속 = g[안쪽].sum()
    print(f"{모드:>5}  림프구 {전체}개  침윤률 {전체/(N*N):.2%}  "
          f"→ 종양 속에 닿은 것 {속}개 ({속/전체:.1%})")

print()
print("침윤률은 거의 같은데, 종양 속에 닿는 비율이 크게 다릅니다.")
print("이것이 논문 Fig. S14 가 보여 준 것입니다.")

고등학생말할 수 있는 것과 없는 것

말할 수 있는 것	근거
넷째 군에서 CD8 T세포 비율이 높다	10강 — 유세포
같은 군에서 조직 내 림프구 침윤이 늘었다	19강 — 조직
두 방법이 같은 방향을 가리킨다	—

말할 수 없는 것	왜
두 숫자가 같은 것을 잰다	분모·대상·척도가 다름
조직의 림프구가 CD8 T세포다	H&E로는 확정 불가
절대적인 세포 수	둘 다 비율

서로 다른 방법이 같은 방향을 가리키는 것 — 그것이 이 실험의 진짜 결론입니다.

이어서 볼 것	어디서
실험실 화학	/labchem
세포 배양 실무	/wetlab
TIL과 면역치료	/til · /checkpoint
단일세포·공간 자료	/tenx · /spatial

🤔 확인 문제

두 군의 면역세포 비율이 3.48% 와 3.66% 로 거의 같았습니다. 그런데도 논문이 둘을 다르게 본 이유는?