12강 / 20강
분주 — CD45⁺ 만 골라 10x 로 넘긴다
SI 「CD45-positive immune cells were separated using Aria Fusion」
지금까지의 기기(LSRFortessa)는 세포를 세고 버렸습니다. 그런데 어떤 실험은 그 세포를 골라내 다음 단계로 넘겨야 합니다.
논문이 그렇게 했습니다.
After euthanizing the LLC1 syngeneic mouse model, single cells were obtained
from the mouse cancer tissues. From this population, CD45-positive immune
cells were separated using Aria Fusion (Becton Dickinson) flow cytometry.
A library for single-cell RNA sequencing was constructed using the 10x
Genomics 5' single cell RNA-seq kit.
왜 CD45⁺ 만 골라낼까요? 암세포를 빼기 위해서입니다.
안 고르고 그대로 10x 로
읽는 세포의 대부분이 암세포
면역세포는 소수라 세포 종류를 나눌 만큼 안 모인다
면역세포는 소수라 세포 종류를 나눌 만큼 안 모인다
CD45⁺ 만 골라서
읽는 세포가 전부 면역세포
QC 뒤 29,343개 — 종류를 나눌 만큼 모인다
QC 뒤 29,343개 — 종류를 나눌 만큼 모인다
분주기의 원리는 물방울에 전기를 씌우는 것입니다.
1. 세포가 레이저를 지나며 판정된다 — CD45⁺ 인가
2. 그 세포가 든 물방울이 노즐에서 떨어지는 순간, 전하를 씌운다
3. 아래의 전극판이 그 물방울을 옆으로 휘게 한다
4. 휜 물방울만 수집관으로 떨어진다
1초에 수천~수만 번 일어납니다. 그리고 판정과 전하를 씌우는 시점 사이에 아주 짧은 지연이 있는데, 그 지연을 맞추는 것이 분주기 조율의 핵심이에요.
🤔 확인 문제
scRNA-seq 전에 CD45⁺ 세포만 분주하는 이유는 무엇일까요?
해설 10x 로 읽는 세포 수에는 한계가 있습니다. 종양 조직을 그대로 넣으면 그 자리를 암세포가 차지해요. 보려는 것이 면역세포라면 미리 골라 넣어야 합니다.