Lesson 11 of 20

FlowJo — 게이트를 남겨 남이 다시 그릴 수 있게

SI 「data were further analyzed using FlowJo」 · 재현성

여기까지 왔으면 눈치챘을 겁니다. 유세포분석의 결과는 기기가 정하는 것이 아니라 사람이 게이트를 어디에 긋느냐가 정합니다.

그래서 게이트는 기록되어야 합니다. FlowJo 가 하는 일이 그것이에요.

📁

FCS 파일

기기가 낸 날것 — 이벤트마다 검출기 값들

✏️

워크스페이스

사람이 그은 게이트와 순서

📊

결과 표

각 게이트의 수와 비율

논문을 읽는 사람이 결과를 확인하려면 셋 다 필요합니다. FCS 만 있으면 어디를 잘랐는지 모르고, 결과 표만 있으면 다시 해 볼 수 없어요.

High school게이트를 남긴다

FlowJo 같은 소프트웨어는 게이팅을 파일로 저장합니다. 왜 중요할까요?

저장되는 것	왜 필요한가
게이트의 위치와 모양	남이 같은 게이트를 볼 수 있음
게이팅 순서	9강 — 순서가 결과를 바꿈
보정 행렬	7강
계산된 통계	비율·세포 수

게이트는 사람이 손으로 그린 선입니다 — 그 선이 결과를 정합니다.

High school게이팅이 주관적이라는 문제

같은 자료를 두 사람이 게이팅하면	결과
게이트 위치가 조금 다름	비율이 몇 % 달라짐
순서가 다름	더 크게 달라짐
기준이 다름	—

그래서 한 사람이 모든 시료를 같은 세션에 게이팅하는 것이 원칙입니다.

그리고 가능하면 군을 모르는 채로 게이팅합니다 — 알면 무의식적으로 원하는 방향으로 그어요.

High school재현성을 위해 공개할 것

공개 항목	내용
게이팅 전략 그림	단계마다 어떤 그림에 어떤 게이트
대조군	FMO · 단일 염색
항체 정보	클론 · 회사 · 카탈로그 번호 · 형광체
기기와 설정	레이저 · 필터 · 전압
원자료 (FCS 파일)	가능하면 공개

마지막 줄이 이상적입니다 — 남이 다시 게이팅해 볼 수 있습니다.

겹치는 구간이 있는 한, 게이트 위치는 언제나 판단입니다.

Python Runs in your browser

# 게이트 위치를 조금 옮기면 결과가 얼마나 달라지나
import numpy as np
rng = np.random.default_rng(3)

# 음성 무리와 양성 무리가 살짝 겹쳐 있다 (로그 형광값)
음성 = rng.normal(1.8, 0.42, 8000)
양성 = rng.normal(3.4, 0.50, 2000)
전체 = np.concatenate([음성, 양성])
진짜양성비율 = len(양성) / len(전체)

print(f"진짜 양성 비율   {진짜양성비율:.2%}")
print()
print(f"{'게이트':>7}  {'읽히는 양성':>10}  {'참값 대비':>9}")
for g in (2.2, 2.4, 2.6, 2.8, 3.0):
    측정 = (전체 > g).mean()
    print(f"{g:>7.1f}  {측정:>10.2%}  {측정/진짜양성비율:>8.2f}배")

print()
print("0.2 씩 옮겼을 뿐인데 값이 크게 움직입니다.")
print("그래서 게이트는 FMO 로 정하고, 모든 시료에 똑같이 씁니다.")

High school자동 게이팅

	수동	자동 (군집화 등)
주관성	있음	적음
재현성	낮음	높음
예상 못 한 집단	놓치기 쉬움	발견 가능
해석	직관적	군집에 이름을 붙여야 함

색이 많아질수록 수동 게이팅이 어려워집니다 — 20색이면 사실상 불가능해요.

🤔 Check yourself

모든 시료에 같은 게이트를 써야 하는 이유로 가장 알맞은 것은?