Lesson 9 of 20

게이팅 — 세포→단일체→생존→CD45→CD3→CD8

논문 Fig. 4F · Fig. S13B 「the ratio of Cd3+ and Cd8+ T cells in CD45+ immune cells」

유세포분석의 결과는 산점도 여러 장입니다. 그리고 각 산점도에서 우리는 네모나 다각형을 그어 다음으로 넘길 세포를 고릅니다. 이것이 게이팅입니다.

순서가 정해져 있습니다. 그리고 그 순서에는 이유가 있습니다.

#	게이트	축	왜 여기서
1	세포	FSC-A / SSC-A	부스러기를 먼저 뺀다
2	단일체	FSC-A / FSC-H	이중체를 뺀다
3	생존	Viability / SSC-A	죽은 세포는 항체를 아무 데나 붙인다
4	CD45⁺	CD45 / SSC-A	면역세포만 남긴다 (암세포를 뺀다)
5	CD3⁺	CD3 / SSC-A	T 세포
6	CD8⁺	CD8 / CD4	세포독성 T 세포

논문이 보고한 값은 "CD45⁺ 면역세포 중 CD3⁺ 와 CD8⁺ 의 비율" 입니다. 즉 4번 게이트가 분모이고, 5·6번이 분자예요.

High school게이팅 — 차례로 좁혀 간다

게이팅은 조건을 차례로 걸어 원하는 세포만 남기는 일입니다.

단계	거르는 것
세포	FSC/SSC로 부스러기 제외
단일체	이중체 제외 — 8강
생존	죽은 세포 제외 — 3강
CD45⁺	면역세포만
CD3⁺	T세포만
CD8⁺	세포독성 T세포만

깔때기를 여섯 번 통과합니다 — 각 단계에서 무엇을 버렸는지가 결과를 정합니다.

High school분모가 무엇인지가 핵심

"CD8 비율이 3.5%"라는 말은 무엇 중 3.5%인지에 따라 완전히 다릅니다.

분모	같은 세포 수라도
전체 세포	작은 비율
생존 세포	조금 큼
CD45⁺ 면역세포	훨씬 큼
CD3⁺ T세포	가장 큼

논문은 "CD45⁺ 면역세포 중 CD3⁺·CD8⁺ 비율"이라고 명시했습니다 — 이것이 정확한 보고입니다.

High school게이트를 어디에 긋나

방법	내용	신뢰도
FMO 기준	7강 — 그 채널의 배경을 실제로 측정	가장 좋음
음성 대조 집단	확실히 음성인 세포를 기준으로	좋음
눈으로 골짜기	두 무리 사이의 낮은 지점	주관적
무염색	자가형광만	너무 낮음

게이트를 모든 시료에 같게 그어야 합니다 — 시료마다 다르게 그으면 비교가 무의미합니다.

분모를 밝히는 것이 왜 중요한지 — 값이 4배 넘게 벌어집니다.

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# 같은 자료, 분모를 바꾸면 값이 어떻게 달라지나
전체이벤트 = 200_000
부스러기   =  62_000
이중체     =  18_000
죽은세포   =  14_000
살아있는단일세포 = 전체이벤트 - 부스러기 - 이중체 - 죽은세포
CD45 =  46_000          # 면역세포
CD3  =  17_000          # T 세포
CD8  =   9_400          # 세포독성 T 세포

print(f"전체 이벤트          {전체이벤트:>8,}")
print(f"살아 있는 단일세포    {살아있는단일세포:>8,}")
print(f"CD45+                {CD45:>8,}")
print(f"CD3+                 {CD3:>8,}")
print(f"CD8+                 {CD8:>8,}")
print()
print("CD8 을 무엇으로 나누느냐에 따라:")
for 이름, 분모 in [("전체 이벤트", 전체이벤트), ("살아있는 단일세포", 살아있는단일세포),
                   ("CD45+ (논문)", CD45), ("CD3+", CD3)]:
    print(f"  {이름:<20} {CD8/분모:7.2%}")
print()
print("네 값이 모두 맞습니다. 다만 서로 다른 것을 재고 있어요.")
print("논문이 분모를 밝히지 않았다면 이 표를 만들 수 없습니다.")

High school게이팅 순서가 결과를 바꾼다

순서를 바꾸면	일어나는 일
생존을 나중에	죽은 세포가 CD45 게이트에 섞임
단일체를 나중에	이중체가 이중양성으로 보임
부스러기를 안 뺌	분모가 커져 모든 비율이 낮아짐

그래서 게이팅 전략을 그림으로 공개합니다 — 남이 재현할 수 있게요.

🤔 Check yourself

논문이 보고한 "CD45⁺ 면역세포 중 CD8 T 세포의 비율" 에서 분모는 무엇일까요?