같은 종양을 두 번 본다
갈아서 세고, 굳혀서 본다
유세포분석은 수를 주고 위치를 잃습니다. 조직은 위치를 주고 수를 잃습니다.
이 20강은 두 방법을 나란히 따라가며, 두 답이 어긋날 때 무엇을 알 수 있는지까지 갑니다 — 논문이 같은 3.5%가 같지 않다는 것을 알아낸 자리까지.
이렇게 배웁니다
🔀두 방법을 나란히
세는 것과 보는 것을 따로 배우지 않습니다. 같은 종양을 두고 두 방법이 무엇을 얻고 무엇을 잃는지 계속 견줍니다.
🎚️게이트를 직접 옮겨 보기
게이트는 사람이 긋는 선입니다. 조금만 옮겨도 값이 얼마나 움직이는지 손으로 확인합니다.
🧪논문의 값 그대로
70 µm · 5 µm · 42 °C · 5분 · 10초 · 50 µm — 강마다 논문이 쓴 값을 슬라이더에서 직접 맞춰 봅니다.
⚖️말할 수 있는 것까지만
마지막 강은 이 두 측정으로 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것을 갈라 놓습니다.
전체 커리큘럼
01
세는 것과 보는 것 — 같은 종양을 두 번 본다
논문 Fig. 4F(유세포) · Fig. 4E·S13A(조직) · 두 답이 맞아야 믿는다
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02
조직을 세포로 흩기 — 70 µm 체를 지나야 한다
SI 「single-cell suspensions ... passing the tissue through 70uM strainers」
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03
좋은 현탁액이란 — 죽은 세포와 이중체
실험 품질 · 게이팅으로 뺄 수 있는 것과 없는 것
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04
Fc 차단 — 항체가 엉뚱한 데 붙는 것을 막는다
SI 「incubated with a Fc block reagent (anti-CD16/32, clone 2.4G2)」
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05
형광 — 빛을 받아 다른 색으로 되쏘는 일
여기·방출 스펙트럼 · 레이저와 필터
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06
패널 설계 — 밝은 형광을 어디에 줄 것인가
SI Table S6 「fluorescently conjugated antibodies」
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07
보정과 FMO — 새어 든 빛을 빼내기
겹침은 물리라 없앨 수 없다. 대신 계산으로 뺀다
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08
산란광 — 물들이지 않아도 알 수 있는 것
SI 「BD LSRFortessa X-20」 · FSC 와 SSC
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09
게이팅 — 세포→단일체→생존→CD45→CD3→CD8
논문 Fig. 4F · Fig. S13B 「the ratio of Cd3+ and Cd8+ T cells in CD45+ immune cells」
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10
네 군의 CD8 비율 — 논문 Fig. 4F 를 다시 만든다
논문 Fig. 4F · Fig. S13B · 넷째 군에서만 들어온다
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11
FlowJo — 게이트를 남겨 남이 다시 그릴 수 있게
SI 「data were further analyzed using FlowJo」 · 재현성
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12
분주 — CD45⁺ 만 골라 10x 로 넘긴다
SI 「CD45-positive immune cells were separated using Aria Fusion」
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13
분주가 세포를 상하게 하는 법 — 압력과 노즐
분주 스트레스 · 왜 빠를수록 좋은 것이 아닌가
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14
FFPE — 조직을 굳혀 시간 속에 세워 둔다
SI 「Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) mouse tissue blocks」
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15
박절 — 5 µm 을 42 °C 물에 띄운다
SI 「processed using a microtome to obtain 5 µm sections ... floated on a 42°C water bath」
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16
H&E — 파랑은 핵, 분홍은 나머지
SI 「Harris's hematoxylin for 5 minutes ... eosin solution for 2 minutes」
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17
분화 10초 — 일부러 색을 빼내는 단계
SI 「Differentiation was achieved by submerging sections in acid alcohol for 10 seconds」
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18
전체슬라이드 스캔 — 유리에서 픽셀로
SI 「virtual slide images ... using Aperio® AT2 virtual slide scanner」
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19
TIL 정량 — 50 µm 칸마다 있나 없나
SI 「50 X 50 micron patches ... Inception-V4 ... two or more lymphocytes」 · Fig. 4E·S13A
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20
두 답이 다를 때 — 같은 3.5% 가 같지 않았다
논문 Fig. S14 · 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것
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