19강 / 20강

【실습 종합】 변이 하나를 처음부터 끝까지 조회한다

KRAS G12C — 조인 키부터 실행가능성까지

이제 앞의 18강을 변이 하나에 순서대로 적용합니다. MAF 한 줄에서 시작해서, 이 변이에 대해 말할 수 있는 것을 전부 모읍니다.

고등학생변이 하나를 처음부터 끝까지

지금까지 배운 것을 KRAS G12C 하나에 다 적용해 봅니다.

단계	하는 일	강
1	조인 키를 만든다 (빌드 명시)	4·7강
2	표기를 정규화한다	6·9강
3	체세포인지 확인한다 (VAF·gnomAD)	18강
4	재발성·핫스팟을 본다	11·12강
5	길이 보정으로 승객을 배제	13·14강
6	방향을 판정한다	15강
7	실행가능성을 조회한다 (OncoKB)	2강

먼저 이름을 정하고 빌드를 확인합니다. 이 둘이 틀리면 아래가 전부 무의미합니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

# 1단계 — 조인 키를 만든다 (4강)
rs = mut.find(pkey="KRAS:G12C")
r = rs[0]
print("1. 조인 키")
print(f"   유전체 좌표 (gkey)  {r['gkey']}")
print(f"   단백질 이름 (pkey)  {r['pkey']}")
print(f"   변이 종류           {r['cls']} / {r['vtype']}")
print()
# 2단계 — 빌드를 확인한다 (7강)
lo = mut.LIFTOVER
print("2. 빌드")
print(f"   이 파일의 좌표      {r['pos']:,}")
print(f"   hg19 기준 알려진 값  {lo['hg19']:,}")
print(f"   판정               {'hg19' if r['pos'] == lo['hg19'] else '확인 필요'}")
print(f"   hg38 로 옮기면      {lo['hg38']:,}")

KRAS:G12C 는 모호하지 않습니다 — 좌표 하나만 가리킵니다. 그리고 490명 중 70명에게 있습니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

rs = mut.find(pkey="KRAS:G12C")

# 3단계 — 이 이름이 유일한가 (6강)
amb = {a["pkey"] for a in mut.AMBIGUOUS}
print("3. 이름의 유일성")
print(f"   KRAS:G12C 가 모호 목록에 있나: {'예 — 위험' if 'KRAS:G12C' in amb else '아니오 — 안전'}")
gk = {r["gkey"] for r in rs}
print(f"   이 이름이 가리키는 유전체 좌표: {len(gk)}가지")
print()
# 4단계 — 재발성 (11강)
rec = {r["gkey"]: r["n"] for r in mut.recurrence(1)}
print("4. 재발성 (이 코호트 490검체 안에서)")
for g in gk:
    n = rec.get(g, 0)
    print(f"   {g}  {n}회  ({n / mut.STATS['n_samples'] * 100:.1f}% 의 검체)")

고등학생KRAS G12C에 대한 답

물음	답
조인 키	chr12:25245350:C>A (hg38) / 25398285 (hg19)
재발	이 코호트에서 70회 — 최다
핫스팟	12번 코돈에 집중 — 매우 높은 점유율
길이 보정	157.05 (TTN의 1.40과 대비)
방향	기능획득 — 조기종결 비율 낮음
실행가능성	소토라십 등 허가된 약이 있음

모든 지표가 같은 방향을 가리킵니다 — 이런 변이는 드뭅니다.

핫스팟에 몰려 있고 조기종결이 거의 없습니다. 켜지는 쪽 — 억제제가 듣는 모양입니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

# 5단계 — 유전자의 성격 (12·13·15강)
s = mut.study("luad")
g = next(x for x in s["genes"] if x["gene"] == "KRAS")
print("5. KRAS 라는 유전자")
print(f"   변이 검체        {g['n']} / {s['n_samples']}  ({g['pct']}%)")
print(f"   아미노산 길이     {g['aa']}")
print(f"   킬로당 변이밀도   {g['per_kaa']}")
print(f"   최다 핫스팟      {g['hotspot']}  ({g['hotspot_n']}회, 점유율 {g['hotspot_share']}%)")
print(f"   조기종결 비율     {g['trunc_share']}%")
print()
verdict = "기능획득 — 억제제가 가능" if g["hotspot_share"] >= 20 and g["trunc_share"] < 30 else "확인 필요"
print(f"   → 방향 어림 판정: {verdict}")

고등학생각 단계에서 틀릴 수 있는 곳

단계	흔한 실수
키 만들기	빌드를 안 적음 — hg19/hg38 혼용
정규화	인델을 좌측정렬 안 함
체세포 판정	VAF만 보고 gnomAD 확인 안 함
재발성	패널 편향을 고려 안 함
길이 보정	보정 없이 빈도만 봄
방향	핫스팟과 조기종결을 따로 안 봄
실행가능성	p. 표기로 조인해 엉뚱한 변이에 매칭

마지막 줄이 20강의 마지막 경고입니다.

모든 패널에 들어 있습니다 — 당연합니다. 실행가능한 변이니까요. 패널은 약이 있는 유전자를 우선 담습니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

# 6단계 — 이 변이가 패널에 잡히나 (17강)
print("6. 패널 포함 여부")
for name, genes in mut.PANELS.items():
    print(f"   {name:<15} {'포함' if 'KRAS' in genes else '없음'}")
print()
# 7단계 — 체세포가 맞나 (18강)
rs = mut.find(pkey="KRAS:G12C")
vafs = sorted(r["vaf"] for r in rs if r["vaf"] is not None)
n = len(vafs)
print("7. 체세포 판정 근거")
print(f"   VAF 중앙값  {vafs[n // 2]:.3f}")
print(f"   0.45~0.55   {sum(1 for v in vafs if 0.45 <= v <= 0.55)} / {n} 줄")
print(f"   재발 70회   → 알려진 체세포 핫스팟. 되살림 규칙 적용 대상")

이것이 이 강의가 만들 수 있는 카드입니다. 아래 넉 줄이 비어 있고, 비어 있다고 적혀 있습니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

# 마지막 — 카드로 정리한다
rs = mut.find(pkey="KRAS:G12C")
r = rs[0]
s = mut.study("luad")
g = next(x for x in s["genes"] if x["gene"] == "KRAS")
rec = {x["gkey"]: x["n"] for x in mut.recurrence(1)}

print("=" * 50)
print("  변이 카드 — KRAS G12C")
print("=" * 50)
print(f"  조인 키(hg19)   {r['gkey']}")
print(f"  hg38 좌표       12:{mut.LIFTOVER['hg38']}:C>A")
print(f"  단백질          {r['pkey']}")
print(f"  종류            {r['cls']}")
print(f"  이 코호트 재발   {rec.get(r['gkey'], 0)}회 / {mut.STATS['n_samples']}검체")
print(f"  유전자 변이율    {g['pct']}% · 밀도 {g['per_kaa']}/kaa")
print(f"  방향            기능획득 (핫스팟 {g['hotspot_share']}% · 조기종결 {g['trunc_share']}%)")
print(f"  패널            5종 모두 포함")
print("-" * 50)
print("  아직 비어 있는 칸")
print("    COSMIC 보고 횟수   — 레코드 없음")
print("    ClinVar 판정       — 레코드 없음")
print("    gnomAD 인구 빈도   — 레코드 없음")
print("    OncoKB 실행가능성   — 레코드 없음")
print("=" * 50)

고등학생다른 변이에 적용할 때

KRAS G12C는 모든 지표가 깔끔합니다. 대부분의 변이는 그렇지 않아요.

상황	어떻게 할까
재발이 한두 번	판정 보류 — 표본이 쌓이길 기다림
핫스팟도 아니고 흩어지지도 않음	패턴이 불분명 — 기능 실험 필요
실행가능성 정보가 없음	"없다"가 아니라 "정리 안 됨"일 수 있음
지표가 서로 반대	가장 흥미로움 — 왜 그런지 파고들기

깔끔한 답이 안 나오는 변이가 대부분입니다 — 그때 "모른다"고 적는 것이 정직함입니다.

🤔 확인 문제

이 실습의 순서에서 앞의 세 단계(이름·빌드·유일성)가 하는 일은?

🤔 확인 문제

KRAS G12C 가 다섯 패널 모두에 들어 있는 이유는?