11강 / 20강

재발성 — 같은 자리가 몇 번 나오나

KRAS G12C 70회 · 이 코호트의 최다 재발 자리

데이터베이스가 실제로 주는 값어치는 세어 준다는 것입니다. 내 환자에게서 본 변이가 남들에게서도 자주 보였나.

변이는 유전체에 무작위로 떨어집니다. 그런데 같은 자리가 반복해서 나오면 우연으로는 설명이 안 됩니다. 그 자리에 이유가 있는 것입니다.

고등학생같은 자리가 몇 번 나오나

변이 표에서 같은 자리가 여러 검체에서 반복되면, 그건 우연이기 어렵습니다.

이 코호트에서	값
가장 많이 반복된 자리	KRAS G12C
횟수	70회

유전체는 30억 염기입니다. 그중 한 자리가 70번 반복해서 변이된다는 것은 선택이 작용했다는 강한 신호예요.

복권 번호가 우연히 같을 확률과, 70명이 같은 번호를 뽑았을 확률은 다릅니다.

KRAS G12C 가 70회입니다. 490명 중 70명 — 같은 염기가 같은 방향으로 바뀌었습니다. 우연이 아닙니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

rec = mut.recurrence(min_n=2)
print("2번 이상 나온 자리:", len(rec), "곳")
print("(서로 다른 변이", mut.STATS["n_distinct_variants"], "가지 중)")
print()
print("가장 자주 나온 자리")
print("자리                     유전자   단백질     횟수")
for r in rec[:10]:
    print(f"  {r['gkey']:<22} {r['gene']:<8} {r['hgvsp']:<10} {r['n']:>3}")

고등학생재발성이 선택의 증거인 이유

암세포끼리는 경쟁합니다. 유리한 변이를 가진 세포가 살아남아 종양을 채워요.

변이의 종류	운명
세포에 이득	그 세포가 늘어남 — 종양 전체로 퍼짐
중립	그냥 남아 있음 — 다른 자리에도 무작위로
해로움	그 세포가 죽음 — 사라짐

여러 환자에서 같은 자리가 반복된다는 것은, 그 자리의 변이가 암세포에게 특별히 유리하다는 뜻입니다.

고등학생그런데 편향이 섞인다

재발 횟수를 그대로 믿으면 안 됩니다. 자료가 어떻게 모였느냐가 영향을 줘요.

편향	내용	강
암종 구성	이 코호트가 어느 암종 중심인가	16강
패널 편향	검사한 유전자만 나옴	17강
임상 선택	표적 치료 후보 환자를 더 많이 검사	16강

KRAS G12C가 70회인 것은 폐선암 코호트이기 때문입니다 — 다른 암에서는 다릅니다.

KRAS 는 변이의 상당수가 한 자리에 몰려 있고, TP53 은 흩어져 있습니다. 같은 '자주 변이되는 유전자' 인데 모양이 완전히 다릅니다.

Python 브라우저에서 실행

import mut

# 유전자마다 변이가 얼마나 한 자리에 몰려 있나
print("유전자   변이수  서로다른자리  최다자리     집중도")
for g in mut.GENES[:12]:
    print(f"  {g['gene']:<8} {g['n']:>4} {g['n_distinct']:>10}"
          f"   {str(g['top_hgvsp'] or '-'):<10} {g['concentration']:>5.1f}%")

고등학생재발성만으로는 부족한 이유

재발성이 못 잡는 것	왜
드문 운전자 변이	한두 번만 나옴 — 우연과 구분 안 됨
기능상실 변이	여러 자리에 흩어짐 — 각각은 드묾
긴 유전자의 승객	13강 — 길어서 자주 맞음

두 번째 줄이 중요합니다. TP53 같은 종양억제유전자는 망가뜨리기만 하면 되니 어느 자리든 상관없어요. 그래서 변이가 흩어지고, 재발성 기준으로는 안 잡힙니다.

12강에서 이 두 패턴 — 몰림과 흩어짐 — 을 구분합니다.

🤔 확인 문제

같은 유전체 자리가 반복해서 나오는 것이 뜻하는 바는?

🤔 확인 문제

COSMIC 의 보고 횟수를 절대 빈도로 읽으면 안 되는 이유는?