20. Step 5 뒤에 말할 수 있는 것과 말할 수 없는 것 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps V

스무 강을 돌았습니다. 마지막 일은 경계를 긋는 것입니다. 어디까지가 이 논문이 보여 준 것이고, 어디부터가 아닌지.

먼저 저자들이 직접 적은 문장을 봅니다. 결론의 마지막 문장입니다.

말할 수 있는 것 / 말할 수 없는 것

말할 수 있다	말할 수 없다
구조체 927 nt 에 인식 자리를 붙여 939 bp 삽입체를 만들었다	이 조각이 실제로 합성되어 잘 자랐다
벡터 5369 bp 와 이어 6262 bp 재조합 플라스미드가 계산됐다	대장균이 이 단백질을 실제로 만든다
SnapGene 상에서 프레임 이동과 서열 손상이 없었다	이 구조체가 옳게 접히고 기능한다
필수 벡터 요소 다섯이 보존되었다	His-tag 로 실제 정제가 된다
C-ImmSim 이 IgM→IgG 계열전환을 그렸다	사람에서 항체가 생긴다
시뮬레이션에서 항원 제거가 나타났다	몸에서 바이러스가 치워진다
IFN-γ · IL-2 가 올랐다고 보고되었다	사이토카인 반응의 크기가 얼마다 (수치가 없다)
단회 접종 모델을 한 번 돌렸다	부스터가 효과가 있다 / 없다

마지막 줄을 보세요 — 실험으로 검증된 값 0 개. 이 한 줄이 이 권의 결론입니다.

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# 이 권에서 다룬 값들을 늘어놓고, 각각이 어떤 종류인지 표시한다.
import pandas as pd

rows = [
    ("벡터 크기",          "5369 bp",  "논문 Fig. 10B",  "인실리코"),
    ("삽입체 크기",        "939 bp",   "논문 Fig. 10B",  "인실리코"),
    ("재조합 플라스미드",  "6262 bp",  "논문 Fig. 10B",  "인실리코"),
    ("구조체 길이",        "927 nt",   "논문 Step 4",    "인실리코"),
    ("XhoI 위치",          "158",      "논문 Fig. 10A",  "인실리코"),
    ("BamHI 위치",         "1091",     "논문 Fig. 10A",  "인실리코"),
    ("버리는 벡터 토막",   "46 bp",    "우리의 뺄셈",    "계산값(인용 금지)"),
    ("양 끝 인식 자리 합", "12 bp",    "우리의 뺄셈",    "계산값"),
    ("두 자리 사이",       "933 bp",   "우리의 뺄셈",    "계산값"),
    ("항체 역가",          "없음",     "논문에 수치 없음", "-"),
    ("사이토카인 수치",    "없음",     "논문에 수치 없음", "-"),
    ("세포 수",            "없음",     "논문에 수치 없음", "-"),
]
df = pd.DataFrame(rows, columns=["값", "숫자", "출처", "종류"])
print(df.to_string(index=False))
print()

n_paper = (df["출처"].str.startswith("논문")).sum()
n_ours  = (df["출처"] == "우리의 뺄셈").sum()
n_none  = (df["숫자"] == "없음").sum()
n_exp   = 0     # 실험으로 검증된 값의 개수

print("논문에서 그대로 가져온 값 : %d 개" % n_paper)
print("우리가 뺄셈으로 얻은 값   : %d 개" % n_ours)
print("논문에 아예 없는 항목     : %d 개" % n_none)
print("실험으로 검증된 값        : %d 개" % n_exp)
print()
print("마지막 줄이 이 강의의 결론이다.")
print("이 논문에는 실험 검증이 한 건도 없다. 모든 수치가 예측이다.")

주장을 하나씩 눌러 보세요. Step 5 가 뒷받침하는지 아닌지 갈립니다.

Loading…

이 논문이 재지 않은 것

실험이 전혀 없다

in vitro 도 in vivo 도 없습니다. 전부 계산입니다

전달체가 범위 밖

지질나노입자를 다루지 않았다고 저자들이 밝혔습니다 — 그러면서 전달 효율이 성능을 크게 좌우한다고 인정했습니다

단회 한 번뿐

C-ImmSim 은 단회 접종 모델 한 번만 돌렸습니다

독립 재현이 안 된다

원자료 접근번호가 없어 다른 사람이 같은 결과를 다시 만들어 볼 수 없습니다

여섯 권 안에서 이 권의 자리

권	걸음	무엇을 정했나
I	Step 1	표적과 서열
II	Step 2	도메인 · 모티프 · 에피토프 주석
III	Step 3	거르기와 구조체 조립
IV	Step 4	코돈과 RNA 구조 — 여기서 BamHI·XhoI 를 피했다
V (여기)	Step 5	가상 클로닝과 면역 시뮬레이션
VI	선택 단계	UTR 과 뉴클레오사이드 변형

IV 권의 한 설정("피할 제한효소 자리: BamHI, XhoI")이 이 권의 6강에서 값을 했습니다. 걸음들이 이어져 있습니다.

그리고 여섯 권이 끝나는 자리에 실험이 있습니다

🤔 Check yourself

저자들이 결론에서 직접 적은 단서는?

🤔 Check yourself

"6262 bp 재조합 플라스미드가 프레임이 맞다" 에서 더 나갈 수 없는 까닭은?

🤔 Check yourself

이 권 전체를 한 문장으로 줄이면?