Lesson 7 of 20
서열에서 자를 자리를 직접 찾는다
Step 5 · 손으로 해 보는 제한효소 지도
SnapGene 이 해 주는 일을 우리 손으로 해 봅니다. 어려운 일이 아닙니다 — 긴 글자열에서 짧은 글자열을 찾는 것이 전부입니다.
아래에서 만드는 서열은 예시입니다. 논문은 실제 구조체 서열을 싣지 않았습니다. 다만 길이는 논문 값에 맞췄습니다 — 927 뉴클레오타이드짜리 구조체에 양 끝 인식 자리를 붙여 939 bp 를 만듭니다.
예시 서열로 제한효소 지도를 직접 그렸습니다. 내부 자리가 0 군데여야 다음으로 넘어갑니다.
Python
Runs in your browser
여섯 글자 하나가 결과를 통째로 뒤집습니다. 크기가 아니라 자리의 문제입니다.
Python
Runs in your browser
컴퓨터가 잘하는 일과 사람이 정해야 하는 일
컴퓨터에게 맡길 것
긴 글자열에서 짧은 글자열 찾기 · 개수 세기 ·
길이가 3 의 배수인지 나누기 · 위치 빼기 — 전부 기계적인 일입니다
사람이 정할 것
어느 효소를 쓸지 · 어느 끝에 무엇을 붙일지 ·
결과를 무엇이라 부를지 — 판단이 필요한 일입니다
Step 5 가 짧은 걸음인 까닭이 이것입니다. 기계가 할 일이 대부분이고, 사람이 정할 것은 앞의 여섯 강에서 이미 다 정했습니다.
실제 도구가 여기에 더해 주는 것
우리가 짠 코드는 자리를 찾는 일까지만 합니다. SnapGene 같은 도구는 여기에 몇 가지를 더 얹어 줍니다.
| 우리 코드가 한 것 | 도구가 더 해 주는 것 |
|---|---|
| 인식 서열 위치 찾기 | 실제 절단 지점까지 계산 |
| 개수 세기 | 조각을 그림으로 그려 주기 |
| — | 벡터 주석과 겹치는지 알려 주기 |
| — | 이어 붙인 뒤 방향 경고 (9강) |
도구가 더 편한 것은 맞습니다. 그런데 도구가 무엇을 하는지 모르면 경고를 읽어도 무슨 뜻인지 모릅니다. 그래서 먼저 손으로 해 본 것입니다.
이 강에서 정해진 것
확인한 것은 하나입니다 — 내부 자리 0 군데. 이제 조각을 자를 준비가 됐습니다.
다음 강에서는 자르고 이었을 때 크기가 얼마가 되는지 셈합니다. 그리고 거기서 이 권에서 가장 중요한 산수를 만납니다.
🤔 Check yourself
예시 구조체 927 nt 에 양 끝 인식 자리를 붙이면 몇 bp 가 되나요?
Answer 여섯 글자짜리 자리를 양쪽에 붙이므로 927 + 6 + 6 = 939 입니다. 논문 Fig. 10B 의 삽입체 크기와 정확히 같습니다. 8강에서 이 산수를 이어 갑니다.
🤔 Check yourself
삽입체에서 내부 자리 0 군데를 확인해야 하는 까닭은?
Answer 내부에 자리가 있으면 조각이 갈라집니다(6강). 그래서 자르기 전에 반드시 세어 봅니다.