2강 / 20강
pET-28a(+) — 남의 집에 방 하나를 들인다
Step 5 · Addgene 에서 SnapGene 형식으로 받는다
단백질을 만들려면 세포에게 설계도를 건네주는 그릇이 필요합니다. 그 그릇이 플라스미드(plasmid) 입니다 — 세균 안에서 저 혼자 복제되는 고리 모양 DNA 입니다.
논문이 고른 그릇은 pET-28a(+) 입니다. 이 이름에 겁먹을 필요가 없습니다. 이미 다 지어진 집이라고 생각하면 됩니다. 전기도 수도도 현관문도 다 있습니다. 우리는 방 하나를 들일 뿐입니다.
받는 길은 두 걸음입니다
1) Addgene (addgene.org) 에서 pET-28a(+) 서열을 SnapGene 형식으로 내려받는다
2) SnapGene (snapgene.com) 에서 열고, 붙어 있는 주석(annotation)을 훑어본다
여기서 중요한 낱말이 주석입니다. 내려받은 파일은 글자 5369 개만 들어 있는 게 아니라, 어디가 무엇인지 이름표가 붙어 있습니다. 3강에서 그 이름표를 하나씩 봅니다.
벡터가 주는 것과 우리가 주는 것
벡터가 이미 갖고 있는 것
읽기 시작 표지판(T7 프로모터) · 리보솜이 앉을 자리 ·
시작코돈 · 정제용 손잡이(His-tag) · 항생제 저항성 · 복제원점
우리가 넣는 것
구조체 서열 하나뿐입니다.
IV 권에서 코돈을 최적화해 놓은 927 뉴클레오타이드 짜리 조각입니다.
비율로 보면 우리가 넣는 것은 전체의 1/7 도 안 됩니다. 그래서 "클로닝" 이라는 말이 거창하게 들려도, 실제로 정해야 하는 것은 어디를 잘라 어느 방향으로 끼울까 하나뿐입니다.
비유가 깨지는 자리
"남의 집에 방을 들인다" 는 비유는 여기까지만 맞습니다. 집에 방을 하나 더 만들면 집은 커집니다. 그런데 플라스미드는 그렇지 않습니다.
방을 넣으려면 원래 있던 벽 한 토막을 뜯어내야 합니다
플라스미드는 고리라서, 자르지 않고는 아무것도 끼울 수 없습니다. 그리고 자른 자리 사이에 있던 조각은 버려집니다. 8강의 산수가 안 맞는 까닭이 바로 이것입니다.
5369 bp 가 얼마나 큰가 — 견줄 것과 나란히
숫자 하나만 보면 크기가 안 잡힙니다. 우리가 넣을 것과 나란히 놓습니다.
| 무엇 | 크기 | 벡터 대비 |
|---|---|---|
| 벡터 pET-28a(+) | 5369 bp | 100% |
| 우리가 넣는 구조체 | 927 nt | 약 17% |
| 양 끝에 붙일 인식 자리 | 12 bp | 약 0.2% |
그릇이 내용물보다 대여섯 배 큽니다. 클로닝이 "거대한 작업" 처럼 들려도, 실제로 손대는 부분은 이만큼입니다.
🤔 확인 문제
pET-28a(+) 를 쓰는 까닭으로 논문이 든 것이 아닌 것은?
해설 pET-28a(+) 는 대장균에서 단백질을 만드는 그릇입니다. 사람 세포도 mRNA 백신도 이 벡터의 일이 아닙니다 — 18강에서 이 함정을 따로 다룹니다.
🤔 확인 문제
Addgene 에서 벡터를 SnapGene 형식으로 받는 까닭은?
해설 글자만 있으면 5369 개의 A·T·G·C 일 뿐입니다. 주석이 붙어 있어야 "여기가 프로모터, 여기가 다중클로닝부위" 를 보고 자를 자리를 고를 수 있습니다.