제한효소는 글자를 읽는 가위다

문서 편집기에서 찾기 를 누르고 낱말 하나를 넣으면, 그 낱말이 있는 자리가 전부 켜집니다. 제한효소가 하는 일이 정확히 그것입니다. 다만 켜는 대신 자릅니다.

회문 — 뒤집어 읽어도 같다

DNA 는 두 가닥입니다. 한 가닥이 GGATCC 면, 짝이 되는 가닥은 규칙에 따라 A↔T, G↔C 로 정해집니다. 그런데 짝가닥을 반대 방향으로 읽으면 다시 GGATCC 가 나옵니다.

이런 서열을 회문(palindrome) 이라고 합니다. 제한효소가 두 가닥을 같은 규칙으로 자를 수 있는 것이 이 성질 덕분입니다. 아래에서 직접 계산해 봅니다.

이 강에서 정해진 것

가위 둘을 골랐습니다. 논문이 이 둘을 고른 까닭은 세 가지였습니다.

• 둘 다 다중클로닝부위 안에 있다 (3강)
• 둘이 서로 안 맞는 말단을 만들어 방향성 클로닝이 된다 (5강)
• 삽입체 안에 그 자리가 없다 (6강)

다르게 골랐다면 무엇이 뒤집힐까요. 만약 두 자리가 MCS 밖에 있었다면 저항성 유전자나 복제원점을 잘랐을 것이고, 플라스미드 자체가 못 쓰게 됩니다.

왜 하필 여섯 글자인가

글자가 네 종류(A·T·G·C)이므로, 특정 여섯 글자가 어느 자리에 나타날 확률은 4를 여섯 번 곱한 것 분의 1 입니다.

이 어림으로 우리 경우를 재 보면 감이 잡힙니다.

삽입체 안에 그 자리가 없을 만도 하다는 뜻입니다. 네 글자짜리 효소였다면 4⁴ = 256 마다 한 번이라 훨씬 자주 걸렸을 것입니다.