8. 크기 산수 — 5369 더하기 939 는 6262 가 아니다 · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps V

논문 Fig. 10B 에 숫자가 셋 있습니다. 그대로 옮기면 이렇습니다.

무엇	크기
벡터 pET-28a(+)	5369 bp
삽입한 구조체 조각	939 bp
나온 재조합 플라스미드	6262 bp

자, 더해 봅시다. 계산기를 꺼내도 됩니다.

5369 + 939 = 6308

그런데 논문은 6262 라고 적었습니다. 46 이 모자랍니다.

논문이 틀린 걸까요. 아닙니다. 더하기가 틀린 셈법입니다.

세 숫자를 직접 더해 보았습니다. 안 맞는 46 bp 가 클로닝의 정체를 알려 줍니다.

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# Fig. 10B 의 세 숫자를 직접 더해 보고, 안 맞는 만큼을 찾아낸다.
# 5369 · 939 · 6262 · 927 은 전부 논문에서 나온 값이다.

vector_bp   = 5369     # 논문 Fig. 10B
insert_bp   = 939      # 논문 Fig. 10B
recomb_bp   = 6262     # 논문 Fig. 10B
mevc_nt     = 927      # 논문 Step 4 — 최적화한 구조체 길이
site_len    = 6        # GGATCC · CTCGAG 둘 다 여섯 글자

print("=== 1단계 : 구조체가 삽입체가 되는 과정 ===")
added = site_len * 2
print("  구조체            %4d nt" % mevc_nt)
print("  + 양 끝 인식 자리  %4d bp   (%d x 2)" % (added, site_len))
print("  --------------------------")
print("  = 삽입체          %4d bp" % (mevc_nt + added))
print("  논문의 삽입체     %4d bp   -> %s"
      % (insert_bp, "맞는다" if mevc_nt + added == insert_bp else "안 맞는다"))
print()

print("=== 2단계 : 순진하게 더해 본다 ===")
naive = vector_bp + insert_bp
print("  벡터   %5d bp" % vector_bp)
print("  + 삽입체 %4d bp" % insert_bp)
print("  --------------------------")
print("  = %5d bp" % naive)
print("  논문의 재조합 %4d bp" % recomb_bp)
print("  차이         %5d bp   <-- 이 숫자가 오늘의 주인공" % (naive - recomb_bp))
print()

print("=== 3단계 : 차이가 무엇인가 ===")
gap = naive - recomb_bp
print("  %d bp 가 사라졌다." % gap)
print("  사라진 까닭: 벡터를 두 가위로 자르면, 두 자리 '사이에 있던 조각' 이")
print("  떨어져 나가고 그 자리에 삽입체가 들어간다. 그 조각은 버려진다.")
print()
print("  올바른 셈법:")
print("    재조합 = 벡터 - 버린 조각 + 삽입체")
print("    %d = %d - %d + %d" % (recomb_bp, vector_bp, gap, insert_bp))
check = vector_bp - gap + insert_bp
print("    검산 : %d  -> %s" % (check, "맞는다" if check == recomb_bp else "안 맞는다"))
print()
print("주의: 이 %d bp 는 논문에 적혀 있지 않다." % gap)
print("      우리가 뺄셈으로 얻은 값이다. 논문 값처럼 인용하면 안 된다.")

왜 벡터 조각이 버려지는가

고리 하나, 가위 두 번.

벡터는 고리입니다. BamHI 자리와 XhoI 자리, 두 군데를 자릅니다.

고리를 두 군데 자르면 조각이 둘 나옵니다 — 긴 쪽(벡터 뼈대)과 짧은 쪽(두 자리 사이의 토막)입니다.

짧은 쪽은 쓸 데가 없으니 버립니다. 그리고 그 빈자리에 삽입체를 넣어 다시 고리로 잇습니다.

그래서 최종 크기는 긴 쪽 + 삽입체 입니다. 전체 벡터 크기에 삽입체를 더한 값이 아닙니다.

벡터·구조체·인식 자리 길이를 밀어 보세요. 논문의 6262 에 언제 맞는지 보입니다.

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이 산수를 꼭 해 봐야 하는 까닭

논문이 적은 확인 항목 넷 가운데 마지막이 "예상한 전체 크기" 입니다. 크기를 맞춰 보는 일이 확인 절차에 들어 있다는 뜻입니다.

그런데 틀린 셈법으로 맞춰 보면 어떻게 될까요. 6308 을 기대하고 있다가 6262 가 나오면, 제대로 된 구조체를 보고도 "뭔가 잘못됐다" 고 판단하게 됩니다.

검산은 셈법이 맞을 때만 검산이다

논문 본문은 전체 크기를 "~5.3 kb + 삽입체" 라고도 적습니다. 어림으로는 편하지만, 이 어림 역시 버린 조각을 빼지 않은 표현입니다. 어림값과 정확한 값을 구별해 두세요.

🤔 Check yourself

5369 + 939 = 6308 인데 논문은 6262 라고 적었습니다. 까닭은?

🤔 Check yourself

구조체 927 nt 가 삽입체 939 bp 가 된 까닭은?

Answer 939 − 927 = 12 이고, 이것은 GGATCC 와 CTCGAG 의 길이 합입니다. 이 뺄셈은 논문 값 둘로 직접 확인됩니다.

🤔 Check yourself

46 bp 라는 값을 다룰 때 옳은 태도는?