11. Fig. 10 읽기 — XhoI(158) 과 BamHI(1091) · Dr. Son's mRNA Vaccine Design, First Steps V

Fig. 10A 는 재조합 플라스미드 지도입니다. 빨갛게 칠한 구간이 우리가 끼워 넣은 부분이고, 그 양 끝에 숫자가 적혀 있습니다.

XhoI (158) ...... 빨간 구간 ...... BamHI (1091)

숫자 둘이 있으면 할 일은 하나입니다. 빼 봅니다.

두 숫자를 뺐더니 6 bp 가 남습니다. 논문이 세는 규칙을 안 적어 끝까지 맞출 수 없습니다.

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# Fig. 10A 의 두 위치를 빼 보고, 삽입체 크기와 견준다.
# 158 · 1091 · 939 · 6262 는 전부 논문에서 나온 값이다.

xho, bam = 158, 1091
insert_bp = 939
recomb_bp = 6262

span = bam - xho
print("Fig. 10A 의 두 자리")
print("  XhoI   : %d" % xho)
print("  BamHI  : %d" % bam)
print("  사이    : %d - %d = %d" % (bam, xho, span))
print()
print("Fig. 10B 의 삽입체 크기 : %d bp" % insert_bp)
print("차이                    : %d bp" % (insert_bp - span))
print()

print("차이 %d bp 가 나온 까닭으로 생각할 수 있는 것:" % (insert_bp - span))
print("  - 위치를 인식 서열의 '시작' 에서 쟀는지 '자르는 지점' 에서 쟀는지")
print("  - 위치를 0 부터 셌는지 1 부터 셌는지")
print("  - 두 자리 중 한쪽을 어느 끝에서 쟀는지")
print()
print("논문은 그 규칙을 적지 않았다. 그래서 %d bp 를 끝까지 맞출 수 없다."
      % (insert_bp - span))
print("맞출 수 없다는 것을 아는 것도 읽기의 결과다.")
print()

print("고리 전체에서 이 구간이 차지하는 몫:")
print("  삽입 구간 %d bp / 전체 %d bp = %.1f%%" % (span, recomb_bp, span / recomb_bp * 100))
print("  벡터 뼈대 %d bp        = %.1f%%"
      % (recomb_bp - span, (recomb_bp - span) / recomb_bp * 100))

고리 위에서 두 자리를 밀어 보세요. 사이 길이와 뼈대 길이가 함께 바뀝니다.

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어긋남을 어떻게 다루나

본문의 진술

BamHI → 5′ (N 말단)
XhoI → 3′ (C 말단)
두 번 나옵니다 (설계 공간 절, Step 5 절)

Fig. 10 설명의 진술

XhoI(158) → N 말단
BamHI(1091) → C 말단
한 번 나옵니다 (그림 설명)

우리가 할 수 있는 말은 여기까지입니다.

말할 수 있다 — 두 곳이 어긋난다. 본문 쪽이 두 번 반복되고 절차 설명에 들어 있다
말할 수 없다 — 어느 쪽이 맞다. 논문이 정하지 않았고, 서열도 싣지 않았다

실제로 이 절차를 따라 한다면 방향은 본문대로 잡되, SnapGene 의 방향 경고와 확인 넷으로 스스로 검산해야 합니다. 도구가 답을 줍니다 — 논문의 그림 설명이 아니라.

좌표를 세는 규칙 — 어긋날 수 있는 자리 셋

같은 자리를 두고 숫자가 다르게 적히는 까닭은 대개 이 셋 중 하나입니다.

규칙	두 갈래	차이
어디서부터 세나	0 부터 / 1 부터	1
무엇의 위치인가	인식 서열의 시작 / 실제 절단 지점	여러 bp
어느 끝을 재나	구간의 시작 / 구간의 끝	인식 서열 길이만큼

세 번째가 우리 경우와 크기가 맞습니다 — 인식 서열이 여섯 글자이고 남은 차이가 6 bp 입니다. 그럴듯한 설명이지만 확인할 길이 없습니다. 논문이 규칙을 안 적었고, 서열도 안 실었기 때문입니다.

🤔 Check yourself

1091 − 158 = 933 인데 삽입체는 939 bp 입니다. 옳은 태도는?

🤔 Check yourself

본문과 Fig. 10 설명이 어긋나는 대목은?

🤔 Check yourself

이 어긋남을 만났을 때 실제 절차에서 기댈 곳은?